如何使用 qsub 在 HPC 上使用本地 R 安装

【问题标题】：How to use local R installation on HPC with qsub如何使用 qsub 在 HPC 上使用本地 R 安装
【发布时间】：2017-04-05 13:26:55
【问题描述】：

我使用无法全局安装特定 R 版本的集群。鉴于我在文件夹上为 R 构建了一个特定版本：

<generic_path>/R/R-X.Y.Z

我在本地安装了一些软件包：

<generic_path/R/packages

如何在 shell 脚本 (bash) 中设置环境变量和别名来运行这个特定的 R 版本，从本地包目录加载包？

【问题讨论】：

标签： r bash hpc qsub

【解决方案1】：

选项 1： 使用 HPC 的 shell 脚本（在我的例子中是 qsub 脚本），这可以通过运行包含以下行的 shell 脚本（例如在 bash 中）来实现：

alias R="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin/R"
export R_LIBS="<path_to_R>/R/packages"
export PATH="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin:${PATH}"

脚本（这里我将其命名为 makeenv.sh）可以在 qsub 脚本中运行：

source makeenv.sh

选项 2：根据您的 HPC 系统，您可能有 module avail、module load 命令，如果是，则使用：

myBsubFile.sh

#!/bin/bash
# some #BSUB headers...
# ...    

module load /R/R-X.Y.Z
Rscript myRcode.R

然后将R脚本中的库加载为：

myRcode.R

library("data.table", lib.loc = "path/to/my/libs")
# some more R code...

【讨论】：