HPC 节点 R 在 HPC 节点上安装/采购最新的 R 版本答案

【问题标题】：HPC node R installing/sourcing latest R version on HPC nodeHPC 节点 R 在 HPC 节点上安装/采购最新的 R 版本
【发布时间】：2017-06-29 20:17:36
【问题描述】：

我正在尝试使用高性能集群在我的本地目录上设置最新版本的 R，因此当我提交作业时，我可以获取正确的库，以便分配的节点将使用最新的 R 版本。

在 HPC 中，我的本地/bin 驱动器确实有最新版本的 R。

然而，根据作业提交和节点分配的说明，我们应该获取一个 setup.bash 脚本，该脚本仅限于 R 版本 3.3.2（不是最新的）。

我查看了 setup.bash 文件，并有兴趣创建一个本地版本来设置 R 库的导出，以便可以使用最新的 R 版本设置节点。

case $PATH in
*/usr/usc/R/3.3.2/bin*)
    ;;
*)  PATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin:$PATH
    ;;
esac

case "${LD_LIBRARY_PATH:-}" in
 */usr/usc/R/3.3.2/lib64/R/lib*)
     ;;
  *)  LD_LIBRARY_PATH=/usr/usc/R/3.3.2/lib6/R/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:$LD_LIBRARY_PATH}
    ;;
esac

if [ -n "${MANPATH:-}" ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/share/man:$MANPATH
elif [ -x /usr/bin/manpath ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man:$(manpath)
else
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man
fi
export LD_LIBRARY_PATH MANPATH

setup.bsh 脚本将 R 二进制别名设置为 $PATH、$LD_LIBRARY_PATH 和 $MANPATH。

我可以在我的本地目录上模仿这个并设置一个节点来代替在 HPC 下使用更高版本的 R 吗？

我不确定这是否是权限问题。

我已经在我的本地 HPC 目录中编译了特定的 R 版本，并将获取该版本，但我的问题是 HPC 是否允许这样做？ ~

【问题讨论】：

标签： r hpc

【解决方案1】：

获取安装脚本后，只需覆盖设置即可。只要确保

export PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

然后，只需运行您的 R

$WHERE_YOUR_R_IS/bin/R

它应该做点什么。

至于：

“我已经在我的本地 HPC 目录中编译了特定的 R 版本，并将获取该版本，但我的问题是 HPC 是否允许这样做？~”

如果您可以从属于 HPC 的所有节点访问您的目录，我在这里看不到任何问题。为什么要禁止？试试看吧。

【讨论】：