使用 qsub R 循环子作业

Question

我正在尝试使用R --vanilla 运行子作业（每个染色体一个）。由于每个染色体都是独立的，我希望它们在系统中并行运行。我编写了以下脚本：

#!/bin/bash
for K in {20..21};
do 
qsub -V -cwd -b y -q short.q  R --vanilla --args arg1$K arg2$K arg3$K < RareMETALS.R > loggroup$K.txt; done

但不知何故，R 以交互方式打开，而不是假设在命令行中打开......当尝试脚本本身时

R --vanilla --args arg1 arg2 arg3 < RareMETALS.R > loggroup.txt; done

它可以完美地调用脚本。

谁能指导我，或者指出可能是什么问题。

Answer 1

我对此的看法是使用echo 而不是--args 选项将参数传递给脚本。我发现将脚本和 Grid Engine 代码分开更直接：

for K in {20..21};
do 
    echo "Rscript RareMETALS.R arg1$K arg2$K arg3$K > loggroup$K.txt" | qsub -V -cwd -q short.q
done

正如其他人评论的那样，使用Rscript。

代码对我来说似乎更干净，但使用 echo 可能有一些限制，而不是 --args 我不知道。