将环境变量传递给 qsub 作业

Question

我想在 qsub 命令的 PATH 环境变量中添加一个字符串。编辑 .sh 文件不是一个选项，因为它是在管道中生成和运行的（我可以编辑 qsub 命令选项）。

我正在运行以下 qsub 命令：

qsub -pe 插槽 16 -S /bin/bash -cwd -N "管道" -j y -o /home/user/log/out.log /home/user/pipeline/runthis.sh

我需要将以下 PATH 环境变量添加到正在运行的 shell：

/home/user/jre1.8.0_66/bin

（这是因为脚本依赖的 java 版本比集群上的版本更新）。

我尝试了以下方法：

qsub -pe 插槽 16 -S /bin/bash -cwd -N "管道" -j y -o /home/user/log/out.log /home/user/pipeline/runthis.sh -v PATH=/home/pa354/jre1.8.0_66/bin:$PATH -V

这不起作用，我在正在运行的 bash 文件中添加了“env”（以检查环境变量），我需要的路径尚未添加。

Answer 1

您需要在您的qsub 命令中使用-v：

qsub -v JAVA_HOME ...

这会将环境变量从调用环境传递到生成的作业中。

请注意，qsub 的 -v 参数必须位于您在远程节点上运行的实际命令的参数之前。您似乎已经在整个命令行的末尾尝试了它，但它不起作用。