使用 qsub 链接作业答案

【问题标题】：Job chaining with qsub使用 qsub 链接作业
【发布时间】：2013-11-21 13:43:10
【问题描述】：

我有一个 python 脚本，它对输入文件执行一些操作，然后使用 qsub 提交一个新作业。

这个新提交的作业完成后，我想再次运行 python 脚本。所以基本上，这个python脚本的运行必须与python脚本本身提交的上一个作业的运行相关联。

用代码来概括。我进入父目录并输入：

./python_script.py

python 脚本的结构如下（实际上要复杂得多）：

def Main():
    subdirectory = IdentifySubDirectory()
    os.chdir(subdirectory)
    EditInputFile()
    qsub jobscript.sh
    os.chdir(parentdirectory)

如何仅使用我的 python 脚本和作业脚本来做到这一点？

以前我一直在使用 crontab 并每 x 小时运行一次，但这是一个非常不令人满意的情况，因为每次模拟需要不同的时间来运行，从而导致大量的死区时间。

感谢您的帮助

【问题讨论】：

标签： qsub

【解决方案1】：

如果这是 TORQUE，您可以使用作业依赖项来获取您所描述的行为。作业依赖提交记录在here，只需查找单词depend，它就会带你到它。

【讨论】：

【解决方案2】：

让您的工作脚本重新提交自己：

jobscript.bash:

#!/bin/bash
cd $PBS_O_WORKDIR
./pythonscript.py
qsub -N reiterateSim jobscript.bash

【讨论】：