Biopython PDBIO 组装链 ID答案

【问题标题】：Biopython PDBIO assembly chain IDsBiopython PDBIO 组装链 ID
【发布时间】：2020-03-13 15:08:24
【问题描述】：

我正在使用 Bio.PDB 解析 mmCIF 和 PDB 格式的结构。我意识到 PDBIO 不能很好地处理 assembly 结构中的双字符链标识符（如“AA”或“AB”）。我对适合我的代码做了些微改动。附上你会发现修改后的 PDBIO 模块。它所做的基本上是检查链标识符字符串的长度并在其前面添加一个空格，如果是单个字符。格式化字符串相应修改。

这些是我在 Bio.PDB.PDBIO 模块中所做的更改。请考虑将其放在未来的更新中。

修改：

_ATOM_FORMAT_STRING = "%s%5i %-4s%c%3s%s%4i%c %8.3f%8.3f%8.3f%s%6.2f %4s%2s%2s\n"

修改：

for chain in model.get_list():
    if not select.accept_chain(chain):
        continue
    chain_id = chain.get_id()
    if len(chain_id)==1:                  #Added line
        chain_id = ' {}'.format(chain_id) #Added line

修改：

fp.write("TER %5i %3s %s%4i%c \n

【问题讨论】：

标签： biopython pdb

【解决方案1】：

Stackoverflow 是一个提问的网站。您提议的是对 BioPython 软件的更改。幸运的是，BioPython 是开源的，因此您可以创建一个 pull request，以便将您的更改添加到软件中。

转到https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/PDBIO.py
点击右上角的箭头图标。这将创建 BioPython 存储库的fork
在你的分叉中进行上述更改以及标题和描述：
点击propose file change。您现在可以并排直观地比较您的修改。
如果一切正常，请单击create pull request。这将向 BioPython 存储库的主分支发送拉取请求。在那里将对其进行审查。如果 BioPython 软件的作者同意这是一个有用的更改，他们会将其合并到软件中。

【讨论】：