Biopython PDB - 寻找 RNA 链答案

【问题标题】：Biopython PDB - finding RNA chainsBiopython PDB - 寻找 RNA 链
【发布时间】：2021-10-30 02:10:30
【问题描述】：

我正在使用 Biopython 的 PDBParser 模块来读取 PDB 文件。我需要找出哪些模型/链属于 RNA 链。有什么简单的方法可以做到吗？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

这里我尝试使用来自 RCS_PDB 存储库的 pdb 文件 [1b7f.pdb][1]

https://www.rcsb.org/structure/1B7F：

from Bio.PDB import PDBParser


parser=PDBParser(QUIET=True)


structure_1 = parser.get_structure('test', '1b7f.pdb')



pippo = ['  A','  C','  G','  U','  I']

for model in structure_1:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            if residue.get_resname() in pippo:
                    print("'"+residue.get_resname()+"'",  ' --->   model : ', model , '  chain : ', chain)

输出：

'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=P>
'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  G'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>
'  U'  --->   model :  <Model id=0>   chain :  <Chain id=Q>

由于核糖核苷酸 A、C、G、U、I 的残基名称而花费了很长时间 https://pdb101.rcsb.org/learn/guide-to-understanding-pdb-data/primary-sequences-and-the-pdb-format

对于 pdb 格式，实际上是 'A'（注意字母 A 之前的空格）等等......

【讨论】：