用于 3D 体积数据的 NIfTi 与 DICOM

Question

选择 NIfTi 而不是 DICOM（或即）作为数据格式的选择有哪些主要好处？我正在研究 3D 体积语义分割。在输入网络之前，我必须将格式转换为 numpy 数组或张量，但对选择的性能优势感到好奇。

Answer 1

（这个问题有可能是基于观点的，所以要坚持事实。）

DICOM 是一种非常强大、灵活但复杂的格式，其优势在于提供不同硬件和软件之间的互操作性。但是，DICOM is not particularly efficient for image processing and analysis。 DICOM 的一个潜在缺点是单个卷存储为一系列 2D 切片，处理起来很麻烦。

NIfTi 是分析文件格式的改进版本，其设计比 DICOM 更简单，同时仍保留所有基本元数据。它还有一个额外的好处是能够将一个卷存储在一个文件中，一个简单的标题后面是原始数据。这样可以快速加载和处理。

有several other medical file formats 适合这个任务。您可能还希望考虑NRRD，它与 NIfTi 有许多共同点。格式简单，解析加载速度快，2、3、4D数据存储编码灵活。许多工具和库也可以处理 NRRD 文件。

因此，鉴于您的主要需求是高效存储和分析，NIfTi 或 NRRD 将是更好的选择。