计算从集合节点到所有其他节点的最短路径，其中一些节点被禁止进入路径

Question

我想在 Python 中实现以下内容，但不知道从哪里开始。这种类型的最短路径问题有没有好的模块？

我试图在给定的 xyz 坐标集合中为 3D 化学结构（图表）定义从特定原子（节点）到所有其他原子（节点）的最短路径。原子（节点）之间的键是允许从一个节点移动到另一个节点的边。

我正在尝试根据从选定中心节点向外的连通性从分子（图）中过滤掉某些原子（节点）。

**对于所考虑的路径，我想禁止某些原子（节点）被交叉。如果从 A 到 B 的最短路径是通过禁止节点，则该答案是不允许的。从 A 到 B 的最短路径不能包含禁止节点**

如果从选定的中心原子 (A) 到另一个其他节点 (B) 的最短路径包括禁止节点，并且没有通过可用边（键）从 A 到 B 的其他可用路径，则节点 B 应该从要保存的最后一组 xyz 坐标（节点）中删除。

对于结构（图）中的所有其他原子（节点），应针对 A 到 C、A 到 D、A 到 E 等重复此操作。

提前感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

确保通向禁止节点的所有边都具有无限成本，并且无论您使用哪种图遍历算法都会自动处理它。

或者，只删除图遍历算法考虑的禁止节点。

Answer 2

要回答您问题的第一部分，我推荐networkx. 这是一个很容易上手的通用图形库（我在博士期间使用过）。