如何生成向量的所有可能组合

Question

我有一个向量，比如A,B,C,D,E，我有兴趣生成向量元素的所有可能组合。所需的输出如下所示。

B-A,C-A,D-A,E-A,C-B,D-B,E-B,D-C,E-C,E-D

Answer 1

试试

combn(v1, 2, FUN=function(x) paste(rev(x), collapse="-"))
#[1] "B-A" "C-A" "D-A" "E-A" "C-B" "D-B" "E-B" "D-C" "E-C" "E-D"

如果你想要默认顺序

combn(v1, 2, FUN=paste, collapse="-")
#[1] "A-B" "A-C" "A-D" "A-E" "B-C" "B-D" "B-E" "C-D" "C-E" "D-E"

更新

要获得更快的选项，您可以使用grBase 中的combnPrim。检查here

library(grBase) 
apply(combnPrim(v1,2), 2, FUN=paste, collapse='-')
#[1] "A-B" "A-C" "B-C" "A-D" "B-D" "C-D" "A-E" "B-E" "C-E" "D-E"

数据

v1 <- LETTERS[1:5]

Answer 2

combn 是经典的方法。但它通常很慢（它完全是用 R 编写的）。这是我认为更快的另一种选择：

grep('(.)-\\1',unique(as.vector(outer(v1,v1,FUN=paste,sep='-'))),
     value=TRUE,invert=TRUE)

如果你有多个字符，正则表达式变为：

  (.*)-\\1

1. 我使用了矢量化的outer 来创建所有组合
2. 然后我使用一些正则表达式删除了重复的字符。

这给出了所有组合及其相反的顺序：

编辑一些benchamrks：

v1 <- LETTERS
fun_agstudy <- function()
grep('(.)-\\1',unique(as.vector(outer(v1,v1,FUN=paste,sep='-'))),
     value=TRUE,invert=TRUE)
fun_akrun <- function()
combn(v1, 2, FUN=function(x) paste(rev(x), collapse="-"))
library(microbenchmark)
microbenchmark(fun_agstudy(),fun_akrun())

          expr      min       lq     mean   median       uq      max neval
1 fun_agstudy()  692.149  707.509 1082.153  774.259  956.114 25818.46   100
2   fun_akrun() 6597.217 6681.982 8076.223 6765.040 9020.306 36364.15   100

使用 bioclite 编辑 2：

outer 还是快一点

summary(microbenchmark(fun_agstudy(),fun_akrun(),fun_combnPrim()))
             expr      min        lq      mean    median       uq       max neval
1   fun_agstudy()  700.114  735.3845  801.3568  786.2055  810.288  2572.896   100
2     fun_akrun() 6830.082 6929.2590 9030.9779 7040.5720 7498.717 62051.764   100
3 fun_combnPrim() 1928.534 1985.9925 2407.1335 2035.8655 2176.191 28514.237   100