R中RNA seq分析的线性回归

Question

我想对多个文件的RNA seq 数据一起进行线性回归分析，而无需任何复制和控制。我不想与控制进行比较，我想基本上运行线性回归。例如，我有 100 个不同品种的 100 个配对端输入文件。每个品种有 25 种不同的化合物浓度。例如，我有每个化合物的数据集，其中列出了它在所有品种中的浓度，所以我有 25 个这样的 excel 文件。我正在使用salmon 创建TPM 值，然后我想测试自变量（每个化合物是所有100 个品种的向量）和因变量之间的回归关系作为所有品种的TPM 值。我已经使用鲑鱼的 quant.sf 文件中的 TPM 值，我想在 R 中执行线性回归分析。你能帮我看看怎么做吗？

提前感谢您的任何建议/评论/指导！

Answer 1

如果您包含一个简单的可重现示例 (https://stackoverflow.com/help/minimal-reproducible-example)，会更容易为您提供帮助。如果我理解正确，您是在问如何运行线性回归：

 model1 <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width, data = iris)
 summary(model1)

我会从这里开始，然后在您启动初始回归并在数据上运行后重新审视您的其余问题（例如，对多个文件执行）。