在 R 中使用 prcomp 进行 RNA seq 的 PCA

【问题标题】：PCA using prcomp for RNA seq in R在 R 中使用 prcomp 进行 RNA seq 的 PCA
【发布时间】：2017-05-04 00:57:02
【问题描述】：

我想知道是否需要转置数据以对 R 中的样本进行 PCA。我正在使用内置函数 prcomp()。我的数据集是 RNA seq 表达数据，列是样本，行是基因表达。似乎无论哪种方式都可以，但是对于行/列中应该包含的内容是否存在共识？谢谢！

【问题讨论】：

标签： r pca

【解决方案1】：

大多数生物统计学 R 软件包通过转置数据框来实现这一点。我给你一个证明：

RUV SVD 分解方法在 RNA-Seq 中很常见。看它的源代码：

https://github.com/drisso/RUVSeq/blob/master/R/RUVg-methods.R

if(isLog) {
    Y <- t(x)
} else {
    Y <- t(log(x+epsilon))
}

x 是基因矩阵表。你看到转置操作了吗？稍后在代码中，包将转置矩阵 (Y) 提供给 svd 函数。

svdWa <- svd(...)

为了让生活和其他人更轻松，您可能希望将基因放在列中，将样本放在行中。

【讨论】：