使用非 R 代码块进行 SWeave？答案

【问题标题】：SWeave with non-R code chunks?使用非 R 代码块进行 SWeave？
【发布时间】：2011-02-17 18:00:59
【问题描述】：

我经常使用Sweave 来生成 LaTeX 文档，其中某些块是通过执行 R 代码动态生成的。这很好用 - 但也有可能有以不同方式执行的代码块，例如通过在 shell 中执行代码，或者通过运行 Perl，等等？能够混合起来会很有帮助，所以我可以做一些事情，比如运行一些 shell 命令来获取一些数据，运行一些 perl 命令来预处理它，然后运行 R 命令来分析它。

当然，我可以使用所有 R 块并使用 system() 作为穷人的替代品，但这不会让阅读文档非常愉快。

【问题讨论】：

标签： shell r sweave

【解决方案1】：

新事物（多语言、多格式）文档可能是dexy.it，例如这些guys at opengamma.org 用作后端。

dexy 背后的Ana 也发表了很多关于它的演讲，所以也请看dexy blog。

【讨论】：

很高兴知道，我去看看。

【解决方案2】：

它与 Sweave 没有直接关系，但 org-babel，它是 Emacs org-mode 的一部分，允许在一个文件中混合不同语言的代码块，将数据从一个块传递到另一个块，执行它们，并从输出生成 LaTeX 或 HTML 导出。

您可以在此处找到有关 org-mode 的更多信息：

http://www.orgmode.org/

看看 org-babel 是如何工作的：

http://orgmode.org/worg/org-contrib/babel/

【讨论】：

Ken，你肯定会想看看 org-mode，它支持大约 30 种语言，而且不仅仅是嵌入代码（尽管它也很擅长））。下周，我最终将在我的网站上发布我的扩展，以使用 R 的 org-mode，我会在什么时候通知你。
非常好，我现在正在使用 org-mode，它看起来很棒。不过，这会导致我提出更多问题，例如：stackoverflow.com/questions/5144862/… =)

【解决方案3】：

除了通过 R 的外语界面（如果支持的话，可能通过inline）或system() 之外，肯定没有简单的方法可以做到这一点。对于它的价值，我只会使用system()；这应该很容易。

您可以看到this previous question about having a Sweave equivalent for Python，其中一位受访者实际上创建了一个单独的界面。这可以让您了解嵌入可能尚不支持的其他语言需要什么。至少，您必须对 Sweave 驱动程序进行重大修改。

【讨论】：

【解决方案4】：

你知道 emacs”org-mode，更具体地说，Babel？如果你已经知道 Emacs 或者愿意切换到 Emacs，那么 org-mode 和 Babel 就是你问题的答案。

例如，我目前正在处理一个包含一些 shell 脚本的文档，使用 R 进行计算并使用点 (graphviz) 创建流程图。 Org-mode 可以导出多种格式，例如LaTeX（这就是我使用的）。

【讨论】：

太棒了。我已经是 emacs 用户（实际上是 Aquamacs），所以这很合适。奇怪的是，多格式格式隐藏在似乎是任务管理模式中！

【解决方案5】：

StatWeave 项目使用 java 而不是 R 来进行编织，但会运行多个程序而不仅仅是 R。我不知道让它来执行 Perl 或其他类似的程序有多难，但主页显示它已经与 R、SAS、Stata 等兼容：

http://www.cs.uiowa.edu/~rlenth/StatWeave/

【讨论】：