Sweave v. Knitr v. Rmarkdown：代码块头答案

【问题标题】：Sweave v. Knitr v. Rmarkdown: code chunk headersSweave v. Knitr v. Rmarkdown：代码块头
【发布时间】：2019-04-13 14:59:14
【问题描述】：

我试图了解rmarkdown、sweave 和knitr 之间的关系。查看代码和示例，我遇到了两种类型的代码头，我不明白它们属于什么语言/包。

标题是

```{}
```

和

<<>>=
@

它们之间有什么区别？
它们与rmarkdown、sweave 和knitr 有什么关系？
如果我在 .rnw 上工作，我使用的是哪一个？

【问题讨论】：

sweave 基于 LaTeX 基本格式，rmarkdown 基于降价。两者都允许用于 R 代码、输出和绘图的代码块。 knitr used to support sweave 但显然不再这样做了，因此它将 rmarkdown 呈现为多种输出格式之一（包括 LaTeX、pdf、html、markdown、docx、epub）。
@r2evans 很抱歉让您感到困惑，但 knitr 从第一天开始就支持 Sweave，并且仍然支持它。您提到的文档说完全兼容性已被删除，这仅意味着不再支持某些 Sweave 块选项。这种.Rnw 格式仍然得到很好的支持。
除非我弄错了，否则区别是：```{} 是 rmarkdown，<<>>= 是 sweave。
Zweifler，我相信它更像是“普通 LaTeX”的标记，提供代码执行（简单地说），但我不是 sweave 的专家。坦率地说，我从来没有真正使用过它……在我知道sweave 之前，我已经在使用 R 和 LaTeX，然后直接跳到了rmarkdown。使用sweave 肯定有优势，即能够控制 Markdown 不支持的 LaTeX 中的内容。
@r2evans 您上面的理解是绝对正确的，所以请随时发布答案。如果有任何需要进一步澄清的地方，我很乐意加入。谢谢！

标签： r r-markdown knitr sweave

【解决方案1】：

sweave 和 rmarkdown 都可以为 R、python 和其他编程语言运行任意代码。每种的优缺点各不相同，但可以快速比较一下：

R 降价：

典型的文件扩展名：.rmd (case-insens)，也许是.rmarkdown
支持 R、python 和 several other languages
输出到 HTML、docx、LaTeX（以及 PDF）和several other output formats

使用三重反引号来划分块

  Regular text.

  ```{r chunkname, chunkoptions, ...}
  a <- 1
  ```

  ```{python pychunk, chunkoptions, ...}
      def myfun(v: list) -> list:
      """
      Something important in this docstring.
      """
      return [a+1 for a in v]
  ```

  More regular text.

因为是基于markdown的，所以对交叉引用、table-control等有一定的限制；其中有许多软件包和已知的缓解技术（这里不一一列举）。但是，您可以在 markdown 中使用直接 LaTeX 格式，因此输出到 PDF 也可以享受这种控制（尽管 LaTeX 代码不翻译为其他输出格式）。

编织：

典型的文件扩展名包括.rnw（case-insens），我见过.noweb（对此不完全确定...）
支持 R，如果您可以通过 R 访问其他语言（例如通过 reticulate），可能还支持其他语言
输出到 LaTeX 和 PDF

使用<<>>= 和@ 进行块划分：

  Regular text.

  <<chunkname, chunkoptions, ...>>=
  a <- 1
  @

  More regular text.

因为它直接基于 LaTeX，所以您可以尽可能多地控制格式、交叉引用等

knitr

处理sweave 和rmarkdown 格式的文件
可能需要一些摆动预处理（例如，使用Sweave2knitr），参考：https://yihui.name/knitr/demo/sweave/
rationale for knitr 是 “解决 Sweave 中一些长期存在的问题，并将其他附加包中的功能合并到一个包中（knitr ≈ Sweave + cacheSweave + pgfSweave + weaver + animation::saveLatex + R2HTML::RweaveHTML + highlight::HighlightWeaveLatex + 0.2 * brew + 0.1 * SweaveListingUtils + 更多）。”

【讨论】：

您能补充一下 knitr 与两者的关系吗？
很好的补充，@LutzPrechelt