`bookdown`/`rmarkdown`/`knitr`：非代码顺序处理howto？

Question

我的bookdown 项目以编程方式进行如下：

1. 读取原始数据 - 生成各种统计数据。
2. 数据预处理（对数化、归一化、插补） - 生成各种图表以监控发生的总体级缺陷。
3. 用于分析 QC 的 PCA - 生成 PCA 和负载主导数据点的图。
4. 差异表达分析 - 生成火山图和表征显着差异表达特征的图。
5. 在各种生物本体系统中对来自 4. 的差异表达特征进行过度表示分析 - 为丰富的类别生成示例条形图。

我使用bookdown 很好地集成了分析和叙述，可以有效地丢弃临时（相当大的）数据集/ggplot2 对象（转换前/转换后数据等）。

但是：目标受众主要/仅对 4. 和 5. 感兴趣，这使我想到了以下结构：

4., 5., 附录(1., 2., 3.)

除了预计算 1.-5 之外，还有其他方法吗？然后按目标顺序重新访问 - 如果可能的话，我宁愿避免在内存中累积所有 ggplot2 对象。

Answer 1

您可以执行以下操作：

1. 将步骤 1-3 和 4-5 拆分为两个单独的 *.Rmd 文件，例如 123.Rmd 和 45.Rmd。
2. 在45.md 的开头添加一个代码块，将123.Rmd 编织到123.md：

```{r knit123, include = FALSE} knitr::knit("123.Rmd", output = "123.md") ```

这将在 Markdown 中生成步骤 1-3 的输出，并使由此创建的所有对象都可用于步骤 4-5。

1. 在45.Rmd 的末尾添加一个代码块，读取123.md 打印其内容：

```{r include123, results = "asis"} cat(readLines("123.md"), sep = "\n") ```

results = "asis" 将阻止任何进一步的处理，因为它已经是有效的 Markdown。

4. 将45.Rmd 编织成您想要的任何目标格式。

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编辑 (1)：

TL;DR：不要将步骤 1-3 中的对象在整个步骤 4-5 中存储在内存中以便之后打印它们，而是先打印它们并将结果存储在磁盘上。 p>

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编辑（2）：

既然你明确提到了 bookdown：如果有一个 YAML 选项可以在编织过程结束时包含一个 Markdown 文件（类似于include-after: 123.md），我不会感到惊讶；但我不能确定从我的头顶上，我懒得自己去查。 ;-)