在 igraph (R) 中计算加权矩阵

Question

是否有一种我缺少的简单方法可以在 igraph 中创建一个简单、加权、有向网络的网状版本？这是相互边缘被替换为带有权重之间差异的单个边缘的地方，并且方向使得权重始终为正。一个简单的例子：

gGross <- graph_from_literal(A++B)
E(gGross)$weight <- c(12, 20)

gNet <- graph_from_literal(A+-B)
E(gNet)$weight <- c(8)

在矩阵表示法中，这将是

N_{ij} = (A_{ij} - A_{ji})_+

+ 表示保留积极的元素。

一个好的起点是类似于which_mutual 的东西，它给出了返回边缘的索引。我可以想象在 R 中编写一个长函数，但这似乎很慢。

Answer 1

我觉得我可以做得比这更好，但我至少有一个工作方法。最欢迎改进。编辑以反映 Tamás 的 cmets 并允许使用任何属性

nettedGraph <- function(g, col="weight") {

  if(!(col %in% edge_attr_names(g))) {
    stop(col, " not and edge attribute")
  }

  # Get a matrix of mutual edges (by vertex ids)
  me <- ends(g, E(g)[which_mutual(g)], names=FALSE)

  # Only keep one of the mutual edges
  me <- me[me[,1] < me[,2], ] 

  toDel <- vector(mode="integer", length=nrow(me))

  for (i in 1:nrow(me)) {

    # Get edge ids going each way
    e1 <- get.edge.ids(g, c(me[i,1],me[i,2]))
    e2 <- get.edge.ids(g, c(me[i,2],me[i,1]))

    weightDiff <- edge_attr(g,col, e1) - edge_attr(g,col, e2)

    if(weightDiff > 0) {
      # Update the edge we're keeping
      edge_attr(g,col, e1) <- weightDiff
      # Delete the one we're not
      toDel[i] <- e2
    } else {
      # Update the edge we're keeping
      edge_attr(g,col, e2) <- -weightDiff
      # Delete the one we're not
      toDel[i] <- e1
    }

  }

  # Now delete all the unneeded edges
  g <- g - E(g)[toDel]

  return(g)
}

set.seed(123)

g <- graph_from_literal(A-+B, B++C, A++C)
E(g)$weight <- round(runif(ecount(g),1,20))
weight0 <- E(g)$weight

gNet <- nettedGraph(g)