使用 heatmaply 将行名称添加到热图中答案

【问题标题】：adding row names to heatmap using heatmaply使用 heatmaply 将行名称添加到热图中
【发布时间】：2017-11-27 02:46:04
【问题描述】：

我正在 Rstudio 中绘制一些基因表达的热图，但是行名称（应该是样本或基因名称）被数字替换。我检查了some posts，但没有机会。抱歉，如果这是一个简单的问题或重复的问题，我是 R 新手。

这是我的 R 脚本：

###############################################################

library(heatmaply)

filename <- "TFzebra-TMM-name.matrix"

head(filename)

my_data <- read.table(filename, sep='\t', quote='', stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE)
head(my_data)
dim(my_data)
nrow(my_data)
ncol(my_data)
row.names(my_data) <- my_data$samples
head (my_data)
my_data <- my_data[, -1]
head(my_data)
data <- my_data/rowSums(my_data)
my_matrix <- as.matrix(data) 

heatmaply(data, xlab = "Features", ylab = "Transcription Factors", 
          scale = "column",
          main = "Data transformation using 'scale'",
          margins = c(60,100,40,20))

注意：

> head (my_data)
    samples   J1 J2 J3    H1    H2    H3
1   zf-C2H2 0.00  0  0 0.507 0.232 0.540
2     baz2a 0.00  0  0 0.355 0.342 0.132
3    baz2ab 0.00  0  0 0.091 0.070 0.163
4    kdm5ba 0.00  0  0 1.835 0.856 1.527
5      dbpa 0.00  0  0 5.344 5.355 0.000
6 LOC555983 0.02  0  0 0.294 0.634 0.835

注意2：

> my_data <- my_data[, -1]
> head(my_data)
    J1 J2 J3    H1    H2    H3
1 0.00  0  0 0.507 0.232 0.540
2 0.00  0  0 0.355 0.342 0.132
3 0.00  0  0 0.091 0.070 0.163
4 0.00  0  0 1.835 0.856 1.527
5 0.00  0  0 5.344 5.355 0.000
6 0.02  0  0 0.294 0.634 0.835

【问题讨论】：

标签： heatmap heatmaply

【解决方案1】：

您应该在删除它之前将第一列添加到 row.names 属性（使用 rownames 函数，是的，我知道，它不是很一致）。那就是：

rownames(my_data) <- my_data[, 1]
my_data <- my_data[, -1]
library(heatmaply)
heatmaply(my_data) # should now work

对于未来 - 请记住，由于您要求人们在他们的时间（免费）中为您提供帮助，因此您必须首先向他们表明您已尽最大努力尽可能地利用他们的时间。因此，在您在那里发布之前，请确保您扩展您的问题以包含所有需要的信息，以便人们回答它（特别是让它包含一个自包含的示例）。请阅读以下两篇关于如何编写好问题的指南，这将有助于确保您将来获得所需的帮助： http://stackoverflow.com/help/how-to-ask

【讨论】：