将树状图添加到 ggplot2 热图

Question

这里是新的 R 用户。 我正在尝试向我使用 ggplot2 创建的热图添加树状图。我怎样才能做到这一点？我已将我的代码添加到下面的热图中。

#Mtcars using ggplots and reshape2 
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
intall.packages("reshape2")
library(reshape2)
data(mtcars)
Cars <- mtcars[c(1:7)] #subset to 6 genres

cor(Cars) # 6x6 cor matrix

#ggplot likes the data 'melted' one value per row
m <-melt(cor(Cars)) 
p <- ggplot(data=m, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile()
p

#set up a coloring scheme using colorRampPalette
red=rgb(1,0,0); green=rgb(0,1,0); blue=rgb(0,0,1); black=rgb(0,0,0)
RtoBrange<-colorRampPalette(c(red, black ) )
BtoGrange<-colorRampPalette(c(black, green) ) 

p <- p + scale_fill_gradient2(low=RtoBrange(100), mid="black",           high=BtoGrange(100))
p

感谢您的帮助，

夏洛特

Answer 1

使用 gplots 包 (https://cran.r-project.org/web/packages/gplots/gplots.pdf) 中的 heatmap.2 函数，它会自动将树状图添加到您的热图中。使用您的示例：

install.packages("gplots")
library(gplots)

data(mtcars)
Cars <- mtcars[c(1:7)]

mycolors <- colorRampPalette(c("red", "black", "green"))
heatmap.2(cor(Cars), trace = "none", col = mycolors)

Answer 2

这有点棘手，因为并非所有部分都已完全准备好，但这是我在heatmaply 开始的工作的目标，以达到这一点。如果您对此感兴趣，以便使用 plotly 创建带有树状图的交互式热图，那么您应该查看heatmaply vignette。

如果您对静态热图感兴趣，我相信现有的软件包已经做得很好，因此重新发明这个轮子可能不值得。 但如果这仍然是您想要做的，这里是它的主要步骤：

1. 生成树状图对象
2. 在 ggplot2 中绘制树状图对象
3. 以尊重行（或树状图中的列）顺序的方式创建热图
4. 合并对象。

第一步可以使用hclust和as.dendrogram，第二步需要dendextend的[as.ggdend][2]函数。第 3 步可以使用 heatmaply::heatmapr + heatmaply:::ggplot_heatmap 来完成（目前是隐藏的，但将来会为这种类型的东西公开）。第 4 步很棘手，到目前为止，我无法让它“足够好”地工作，因为元素的比例不好。

我将它封装到一个新的 ggheatmap 函数中，然后将其上传到 heatmaply on github。但这需要更多的工作，所以我愿意接受请求。同时，这里是如何做到这一点：

devtools::install_github("ropensci/plotly") # you will probably benefit from the latest version of plotly
devtools::install_github('talgalili/heatmaply')

library(heatmaply)
x <- heatmapr(iris[,-5], scale = "column", colors = "Blues")
ggheatmap(x)

输出如下所示：

由于我使用的是GGally::ggmatrix，我似乎无法控制每个对象的比例。在其他方面可能还有更多工作要做（例如处理标签的布局，在侧面添加颜色图例等）

Answer 3

或者试试heatmap3函数：

library(heatmap3)
Cars <- mtcars[c(1:7)]
heatmap3(cor(Cars), scale = "none", sym = T)