如何使用 Shiny 中的 heatmaply 包绘制热图？答案

【问题标题】：How can I plot a heatmap with the heatmaply package in Shiny?如何使用 Shiny 中的 heatmaply 包绘制热图？
【发布时间】：2021-05-13 11:04:52
【问题描述】：

我正在尝试使用 heatmaply 包来绘制热图并且效果很好。

另一方面，当我尝试在 Shiny 中执行相同的绘图时，它不会出现在界面中（当我单击“运行应用程序”时）。然而，当我突然关闭窗口时，情节出现在 R 查看器中。 heatmaply 包是否可能不适用于 Shiny？

这是我的代码，当我在 R 中绘制它时。

library(heatmaply)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

heatmaply(
  x[, -c(8, 9)],
  col_side_colors = rc[1:9],
  showticklabels=FALSE,
  Rowv = TRUE,
  Colv = FALSE
)

这是我在 Shiny 中的代码。

library(shiny)
library(heatmaply)

ui <- fluidPage(

    # Application title
    titlePanel("Heatmap"),

    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
            
        ),

        # Show a plot of the generated distribution
        mainPanel(
           plotOutput("distPlot")
        )
    )
)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

server <- function(input, output) {

    output$distPlot <- renderPlot({
        heatmaply(
          x[, -c(8, 9)],
          col_side_colors = rc[1:9],
          showticklabels=FALSE,
          Rowv = TRUE,
          Colv = FALSE
        )

     })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

我尝试了另一个包来制作交互式热图，但它是唯一一个拥有我想要的东西的包，因此我需要在这里询问是否有人知道如何在 Shiny 中使用它。

提前致谢，

问候

【问题讨论】：

标签： r shiny heatmap heatmaply

【解决方案1】：

您可以使用plotlyOutput 和renderPlotly：

library(shiny)
library(heatmaply)
library(plotly)

ui <- fluidPage(
  
  # Application title
  titlePanel("Heatmap"),
  
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      
    ),
    
    # Show a plot of the generated distribution
    mainPanel(
      plotlyOutput("distPlot")
    )
  )
)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

server <- function(input, output) {
  
  output$distPlot <- renderPlotly({
    heatmaply(
      x[, -c(8, 9)],
      col_side_colors = rc[1:9],
      showticklabels=FALSE,
      Rowv = TRUE,
      Colv = FALSE
    )
    
  })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

还有一个可能感兴趣的包shinyHeatmaply。

【讨论】：