从 coxme 对象中提取 AIC (R)答案

【问题标题】：extract AIC from coxme object (R)从 coxme 对象中提取 AIC (R)
【发布时间】：2013-06-24 11:16:30
【问题描述】：

我正在使用包 coxme，我想从模型中提取 AIC，以便选择最好的。

1) 我没有找到如何直接执行此操作，我认为如果不更改函数 coxme() 的代码，这是不可能的，但我很高兴错了，如果我错了，请告诉我！

2) 我用命令查看了函数的代码：

coxme:::print.coxme

为了向股票 AIC 添加一个变量并查看代码，但如果我将其称为“coxme2”（我只是在开头添加 coxme2

colnames<-(*tmp*, value = c("NULL", "Integrated", "Fitted" 中的错误： 'dimnames' [2] 的长度不等于数组范围

总而言之，coxme 函数运行良好，但如果我只是复制并粘贴它的代码，它就不行。我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： r mixed-models cox-regression

【解决方案1】：

AIC可以通过

extractAIC.coxme <- function(x){
  loglik <- x$loglik + c(0, 0, x$penalty)
  chi1 <- 2*diff(loglik[1:2]) 
  chi2 <- 2*diff(loglik[c(1,3)])
  c(chi1 - 2*x$df[1], chi2 - 2*x$df[2])
}

fit <- coxme(Surv(time, status) ~ age + sex + (1|ph.ecog), lung)
extractAIC(fit)

见 print.coxme 函数https://github.com/cran/coxme/blob/master/R/print.coxme.R

【讨论】：

【解决方案2】：

你试过getAnywhere(print.coxme)吗？它为您提供了在 R 中复制和修改函数所需的所有代码。

编辑

随便写

copyOfAIC <<- temp

低于

dimnames(temp) <- list(c("Integrated loglik", " Penalized loglik"), 
                           c("Chisq", "df", "p", "AIC", "BIC"))

你会得到一份你正在寻找的值的副本

【讨论】：

感谢您的回答，但我认为此代码与我使用 print.coxme 的代码不太相关。或者也许我不太了解它，但我不知道如何解决我的问题......
事实上，这是允许您修改功能的完整代码。有了它你可以创建一个新函数coxme2，但是有了这个你不会有任何错误，因为它不使用来自 coxme 包的隐藏函数和对象
抱歉，我编辑了我的答案，以便指出您要查找的功能。但其实原理是一样的
再次感谢，但仍然存在问题。 ^^' 其实和 print.coxme 是一样的：使用函数报同样的错误...
我已经运行了这个例子，我已经应用了新功能，它对我有用。试试this