R 中 coxme 的 Survfit 等价物？答案

【问题标题】：Survfit equivalent for coxme in R?R 中 coxme 的 Survfit 等价物？
【发布时间】：2012-10-31 01:23:27
【问题描述】：

我正在为 R 中的 coxme 包苦苦挣扎。我想使用像 survfit() 这样的函数 - 它通常用于 coxph() 模型的方式 - 绘制调整后的生存曲线并找到中位生存时间不同的参数值。

如果我使用 coxph 拟合模型而没有随机效应，我可以执行以下操作：

library(KMsurv)
data(burn)

my.surv <- with(burn, Surv(T1, D1))

cox_nr = coxph(my.surv ~ Z1 , data = burn)

survfit(cox_nr, newdata = data.frame(Z1 =1))

这提供了生存估计。但是如果我用 coxme 拟合相同的模型：

library(coxme)
cox_r = coxme(my.surv ~ Z1 + (1|Z11), data = burn)

survfit(cox_r, newdata = data.frame(Z1 = 1))

使用方法中的错误（“survfit”，公式）：没有适用于“coxme”类对象的“survfit”方法

所以survfit.coxme 似乎不存在，并且通过阅读coxme 包文档，我看不到等效项。我正在尝试做的事情有什么根本错误吗？如果没有，我怎样才能得到这些估计值？

【问题讨论】：

+1 是一个可重现的例子。
我认为尝试从混合效应 coxph 模型中获取生存曲线没有任何根本性的错误。但是，您不能假设在另一个包中定义的函数将具有定义为与coxme 对象一起使用的方法。您必须手动进行计算。
是的，可能会这样。 Survfit 是为许多类型的生存对象定义的，所以我希望它可以在这里工作。
是的，但其中大部分物品将成为生存包的一部分。
如果我必须手工完成，有谁知道如何估计基线风险函数？ Thomas Lumley 在另一篇文章中提到了这一点：grokbase.com/t/r/r-help/00asesnrp7/…。

标签： r

【解决方案1】：

我认为 coxme 没有 survfit 方法的原因是模型脆弱。对数秩或 wilcoxon 检验依赖于失败/审查结果与风险集中的个体之间的一一对应关系。这使您可以使用非参数卡普兰梅尔曲线一致地估计它们的生存曲线，这些曲线始终是单调且非递增的。如果一个人可以有多个结果，则情况并非如此，这就是 coxme(frailty) 正在处理的问题。以疱疹暴发为例，如果个人可以有不止一次暴发，或者您可以在集群中暴发任意数量的暴发，那么您无法使用 KMcurve 估计生存曲线，您也无法执行对数秩检验。

但是，使用 summary 命令对 Cox 模型的推理渐近等效于基本单变量线性 Cox 模型的对数秩检验。您可以争辩说，对脆弱模型进行总结可以作为处理多个端点的分层等效测试，并且 p 值代表了一个科学上有趣的组成部分。要以图形方式描述集群内的故障，请考虑使用累积发生率曲线。

【讨论】：