Snakemake 将 conda 激活命令更改为“conda activate”答案

【问题标题】：Snakemake change conda activation command to 'conda activate'Snakemake 将 conda 激活命令更改为“conda activate”
【发布时间】：2020-07-23 07:07:34
【问题描述】：

我想在我的托管环境中使用带有fish shell 和 conda 环境的snakemake（基本上我没有 root 权限，并且无法更改默认 shell）。

我在.bashrc 中使用这个hack 将fish 设置为“默认”外壳：

if [ "$REALBASH" != "1" ]; then
  case "$-" in
  *i*)
    export SHELL=/usr/bin/fish
    tty > /dev/null && echo "Your ~/.bashrc is switching interactive SHELL to $SHELL"
    [ -x $SHELL ] && exec $SHELL "$@"
    echo "Apparently $SHELL is not available here. Continuing with bash."
    export SHELL=/bin/bash
  ;;
  esac
fi

还有一个命令realbash 设置环境变量REALBASH=1 来绕过这个hack。

我设法让 conda 使用 this 与 fish 一起工作，但它的缺点是在 fish 中激活 conda 环境的命令与 bash 不同。在 bash 中，命令是 source activate ...，在 fish 中是 conda activate ...。

使用source activate ... 的bash 和使用conda activate ... 的fish 都可以激活环境。

当我现在从fish执行snakemake时，我收到以下错误：

Activating conda environment ...
source: Error encountered while sourcing file “activate”:
source: No such file or directory

如果我从 bash 执行 snakemake，也会出现同样的错误。

如果我通过snakemake --overwrite-shellcmd realbash 从bash 执行snakemake，我会得到同样的错误并最终进入由snakemake 打开的bash shell。只有在输入 exit 之后，snakemake 才会完成（当然，但没有成功）。如果我通过snakemake --overwrite-shellcmd realbash 从fish 执行snakemake，则会发生相同的行为。

我对 --overwrite-shellcmd 的行为感到困惑，有没有办法让我的 hack 工作？否则，我可以将snakemake 配置为调用conda activate 而不是source activate？或者有其他解决办法吗？

【问题讨论】：

标签： bash conda snakemake fish

【解决方案1】：

显然这是snakemake 旧版本中的一个错误。问题中描述的效果是用snakemake 4.3.1产生的。

在安装了snakemake 5.17.0 的conda 环境中运行snakemake 与问题中所述的设置完美配合。不需要--overwrite-shellcmd 或其他更改。

【讨论】：