SnakeMake 不激活 conda 环境

Question

我有一个简单的 Snakefile，我有一个使用 YAML 配置文件中定义的 Conda 环境的规则。

但是，当运行这个 Snakefile 时，Snakemake 并没有激活 Conda 环境并返回这个错误：

Error in rule read_file:
        jobid: 0
        conda-env: /data/projects/testproject/.snakemake/conda/805d8d2a

RuleException:
CalledProcessError in line 5 of /data/projects/testproject/scripts/snake/process.snake:
Command 'source activate /data/projects/testproject/.snakemake/conda/805d8d2a; set -euo pipefail;  emirge ' returned non-zero exit status 2
  File "/data/projects/testproject/scripts/snake/process.snake", line 5, in __rule_read_file
  File "/usr/lib/python3.5/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

我尝试使用 source activate 805d8d2a 和 conda activate 805d8d2a 手动激活 Conda 环境（由 SnakeMake 创建的环境）但没有成功（错误消息暗示没有具有所述名称的环境，但是，conda info --envs 列出了它现有）。为了进一步测试 Conda 功能，我手动创建了一个 Conda 环境，并且能够使用后一个命令激活它（命令 source activate testenv 不起作用）。

我的问题是：如何从我的 SnakeMake 脚本中自动激活 Conda 环境？

Conda 版本：4.5.11

SnakeMake 版本：5.2.4

蛇文件：

rule my_rule:
    conda:
        "emirge.yaml"
    shell:
        "emirge"

Emirge.yaml：

channels:
- bioconda
dependencies:
- emirge=0.61.1

编辑：

我正在使用命令运行 Snakemake：

snakemake --use-conda

Answer 1

你必须告诉snakemake在命令行上使用conda：

snakemake --use-conda

文档指出：

康达：
--use-conda
如果在规则中定义，请在 conda 环境中运行作业。如果未设置此标志，则忽略 conda 指令。

您遇到的错误是因为您正在运行的 shell 命令不存在。
Snakemake执行命令

source activate /data/projects/testproject/.snakemake/conda/805d8d2a; set -euo pipefail;  emirge

我认为您的环境已正确创建和激活，但未找到命令 emirge。