如何将高斯拟合到一对相关函数？

【问题标题】：How to fit a Gaussian to a pair correlation function?如何将高斯拟合到一对相关函数？
【发布时间】：2020-11-12 15:50:48
【问题描述】：

我是 R 的新手，我尝试使用 spatstat 包来分析单分子显微镜数据。

为了找到观察到的点簇的平均/主要大小，我将数据转换为“ppp”并运行对相关函数 (pcf.ppp)。我知道主要的簇大小是适合这个函数的高斯的 sigma。

但是，我不知道如何拟合高斯函数并提取 sigma。非常感谢任何帮助！

这是我目前的代码：

MyPattern <- ppp(Loc[,1],Loc[,2],c(10000,25000),c(10000,25000))
plot(MyPattern)
Test <- pcf.ppp(MyPattern)
plot(Test)

【问题讨论】：

标签： spatstat

【解决方案1】：

spatstat 包中的函数kppm 执行此操作。只需输入

kppm(MyPattern)

并读取集群规模参数sigma。（正式地这被称为“托马斯模型”）。为了自动化，你可以这样做

fit <- kppm(MyPattern)
parameters(fit)

有关更多信息，请参阅the spatstat book 中的第 12 章

【讨论】：