循环统计检验

Question

我是 R 的新手。我有两个如下所示的 data.frame：

DF1

 List_name     Smokers   Not_smokers    
  List1          30         100
  List2          10          50
  List3          3           10
  List4          12          85
  List5          56          60
  List6          90         120

DF2

 List_name      Male       Female    
  List1          23          123
  List2          45          654
  List3          35          110
  List4          145         850
  List5          89          234
  List6          56          765

我想在 for ex 之间应用一个 prop.test：DF2 的第一行和 DF1 的每个单行，然后 DF2 的第二行和 DF1 的每个单行，然后 DF2 的第三行和每个单行DF1 的行，依此类推，直到 DF2 的所有行结束。所以，由于 DF1 有维度：100（行）X2（列），而 DF2 有 30（行）X2（列）最后我会有 30X100 个测试，所以 3000 个测试。

我尝试的是以下内容（使用另一个已发布问题的函数）：

for (i in 1:length(DF2)){ 
   test <- apply(DF1, 1, function(x) prop.test(rbind(x, as.numeric(DF2[[i]]), correct=TRUE,  alternative="two.sided", conf.level=.99))
}

但它不起作用。显然，由于我是初学者，有些错误我无法解决。另一个问题是我执行的每个测试都将保存在单独的变量中和/或打印在单独的文件中。

Answer 1

对于初学者来说最简单的方法是使用 2 个循环

DF1 <- read.table(text='List_name Smokers Not_smokers 
 List1 30 100
 List2 10 50
 List3 3 10
 List4 12 85
 List5 56 60
 List6 90 120',header=T)

DF2 <- read.table(text='List_name Male Female 
 List1 23 123
 List2 45 654
 List3 35 110
 List4 145 850
 List5 89 234
 List6 56 765', header=T)

test <- NULL
for (i in 1:nrow(DF2)) { 
 for (j in 1:nrow(DF1)) {
  test <- c(test,prop.test(c(DF1[j,2], DF2[i,2]),c(DF1[j,3]+DF1[j,2], DF2[i,3]+DF2[i,2]), correct=TRUE,  alternative="two.sided", conf.level=.99))
 }
}

我做的测试与你的问题完全不同，但我认为这是你需要的（我正在测试吸烟者/不吸烟者的比例是否与男性/女性相同）

编辑：

将结果保存在列表中：

test <- list()
for (i in 1:nrow(DF2)) { 
 for (j in 1:nrow(DF1)) {
  test[[length(test)+1]] <- prop.test(c(DF1[j,2], DF2[i,2]),c(DF1[j,3]+DF1[j,2], DF2[i,3]+DF2[i,2]), correct=TRUE,  alternative="two.sided", conf.level=.99)
 }
}

Answer 2

假设您的 DF1 和 DF2 对象是 data.frame。因为你使用 DF2 作为列表...

DF1 <- data.frame(Smokers=c(30, 10, 3, 12, 56, 90), Not_smokers=c(100, 50, 10, 85, 60, 120))
DF2 <- data.frame(M=c(23, 45, 35, 145, 89, 56), F=c(123, 654, 110, 850, 234, 765))

test <- vector("list", dim(DF1)[1]*dim(DF2)[1])
k=1
for (i in 1:dim(DF2)[1]){
for(j in 1:dim(DF1)[1]){
    test[[k]] <- prop.test(rbind(as.numeric(DF1[j,]), as.numeric(DF2[i,])), correct=TRUE, alternative="two.sided", conf.level=.99)
    k=k+1
}
}

# the chi-square test produce warnings   
warnings()