model.matrix 和 data.matrix 这两个函数在几个方面表现不同，包括如果有 NA 值会发生什么，以及如何处理非数字变量。请参阅帮助页面。
默认情况下，当使用model.matrix 时，在存在NA 的情况下会删除整行。在data.matrix 中，这些被保留并有助于cor(use = "pairwise.complete.obs") 观察，如果不是整行都是NA。这解释了不同的相关系数。
如果您必须使用model.matrix，您可以设置选项以传递NA 值（参见解决方案here）并在cor(use="pairwise.complete.obs") 中处理NA 值。
获取数据
library(tidyverse)
df <- data.frame(
idcode = c(1:10),
contract = c(TRUE,FALSE,FALSE,FALSE,NA,NA,TRUE,TRUE,FALSE,TRUE),
score = c (1.17, 5, 7.2, 6.6, 3, 3.8, 7.2, 9.1, 5.4, 2.21),
CEO = c(FALSE,NA,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE,TRUE))
注意，逻辑变量的编码应该不带“”，但结果在这里看起来是一样的。
model.matrix 的默认行为
如果有 NA 值，model.matrix 删除整行，而 data.matrix 保留它们。这是由于默认的options()$na.action 设置为na.omit 并且只影响model.matrix。
options()$na.action
#[1] "na.omit"
model.matrix(~0 + ., data = df)
#> idcode contractFALSE contractTRUE score CEOTRUE
#> 1 1 0 1 1.17 0
#> 3 3 1 0 7.20 1
#> 4 4 1 0 6.60 1
#> 7 7 0 1 7.20 1
#> 8 8 0 1 9.10 1
#> 9 9 1 0 5.40 1
#> 10 10 0 1 2.21 1
#> attr(,"assign")
#> [1] 1 2 2 3 4
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$contract
#> [1] "contr.treatment"
#>
#> attr(,"contrasts")$CEO
#> [1] "contr.treatment"
data.matrix(df)
#> idcode contract score CEO
#> [1,] 1 2 1.17 1
#> [2,] 2 1 5.00 NA
#> [3,] 3 1 7.20 2
#> [4,] 4 1 6.60 2
#> [5,] 5 NA 3.00 2
#> [6,] 6 NA 3.80 2
#> [7,] 7 2 7.20 2
#> [8,] 8 2 9.10 2
#> [9,] 9 1 5.40 2
#> [10,] 10 2 2.21 2
na.action = "na.pass"
的行为
# set na.action options
oldpar <- options()$na.action
options(na.action ="na.pass")
model.matrix(~0 + ., data = df)
#> idcode contractFALSE contractTRUE score CEOTRUE
#> 1 1 0 1 1.17 0
#> 2 2 1 0 5.00 NA
#> 3 3 1 0 7.20 1
#> 4 4 1 0 6.60 1
#> 5 5 NA NA 3.00 1
#> 6 6 NA NA 3.80 1
#> 7 7 0 1 7.20 1
#> 8 8 0 1 9.10 1
#> 9 9 1 0 5.40 1
#> 10 10 0 1 2.21 1
#> attr(,"assign")
#> [1] 1 2 2 3 4
#> attr(,"contrasts")
#> attr(,"contrasts")$contract
#> [1] "contr.treatment"
#>
#> attr(,"contrasts")$CEO
#> [1] "contr.treatment"
data.matrix(df)
#> idcode contract score CEO
#> [1,] 1 2 1.17 1
#> [2,] 2 1 5.00 NA
#> [3,] 3 1 7.20 2
#> [4,] 4 1 6.60 2
#> [5,] 5 NA 3.00 2
#> [6,] 6 NA 3.80 2
#> [7,] 7 2 7.20 2
#> [8,] 8 2 9.10 2
#> [9,] 9 1 5.40 2
#> [10,] 10 2 2.21 2
比较相关系数
data.matrix(df) %>% cor(use="pairwise.complete.obs") %>% round(digit=3)
#> idcode contract score CEO
#> idcode 1.000 0.312 0.177 0.625
#> contract 0.312 1.000 -0.226 -0.354
#> score 0.177 -0.226 1.000 0.548
#> CEO 0.625 -0.354 0.548 1.000
model.matrix(~0+., data=df) %>% cor(use="pairwise.complete.obs") %>% round(digit=3)
#> idcode contractFALSE contractTRUE score CEOTRUE
#> idcode 1.000 -0.312 0.312 0.177 0.625
#> contractFALSE -0.312 1.000 -1.000 0.226 0.354
#> contractTRUE 0.312 -1.000 1.000 -0.226 -0.354
#> score 0.177 0.226 -0.226 1.000 0.548
#> CEOTRUE 0.625 0.354 -0.354 0.548 1.000
请注意，这两个函数处理逻辑变量数据的方式不同（model.matrix 为 contract 创建了两个虚拟变量，为 CEO 创建了一个虚拟变量（参见 cmets 中的讨论此答案的部分），data.matrix 创建单个二进制整数变量），这反映在相关矩阵中。
重置默认选项
options(na.action = oldpar)
会话信息
sessionInfo()
#> R version 4.1.1 (2021-08-10)
#> Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
#> Running under: macOS Catalina 10.15.7
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/lib/libRblas.0.dylib
#> LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/lib/libRlapack.dylib
#>
#> locale:
#> [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
#>
#> attached base packages:
#> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] knitr_1.33 magrittr_2.0.1 rlang_0.4.11 fastmap_1.1.0
#> [5] fansi_0.5.0 stringr_1.4.0 styler_1.5.1 highr_0.9
#> [9] tools_4.1.1 xfun_0.25 utf8_1.2.2 withr_2.4.2
#> [13] htmltools_0.5.2 ellipsis_0.3.2 yaml_2.2.1 digest_0.6.27
#> [17] tibble_3.1.4 lifecycle_1.0.0 crayon_1.4.1 purrr_0.3.4
#> [21] vctrs_0.3.8 fs_1.5.0 glue_1.4.2 evaluate_0.14
#> [25] rmarkdown_2.10 reprex_2.0.1 stringi_1.7.4 compiler_4.1.1
#> [29] pillar_1.6.2 backports_1.2.1 pkgconfig_2.0.3
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