绘制关于两个颜色参数的离散数据答案

【问题标题】：Plotting discrete data regarding two color arguments绘制关于两个颜色参数的离散数据
【发布时间】：2017-04-24 15:51:58
【问题描述】：

我做了一个主成分分析，现在我在 R 中绘制结果（绘制 2514 个个体的第一个主成分和第二个主成分，并对关于 6 个超种群的所有这些点进行着色以可视化集群）。 R 默认颜色很好，但我需要一个特别突出的超级群体，所以我想把它涂成黑色。我不在乎其他5个的颜色。

我无法应用我所读到的关于自定义调色板和使用 ggplot 绘图的内容。我试图创建一个新的调色板，但我无法在语法中混合这两种东西。我必须告诉程序 (1) 为每个点着色关于它的超级人口信息，以及 (2) 使用这个新的调色板 mypalette，但在绘图语法中，两个信息都必须在“col”参数中，但我想放两个。这是到目前为止的代码，它没有达到我想要的效果：

Superpopulations<-PC$Superpop
mypalette=c("blue","violetred1","green1","darkorchid1","yellow1","black")

mypal=discrete_scale(aesthetics = Superpulations, scale_name = "Superpopulations", palette = mypalette)

superpopulation<-qplot(newPC2$PC1,newPC2$PC2, col=mypal, main = NULL ,xlab= NULL, ylab=NULL, size=I(2.5))
superpopulation + theme(legend.position="bottom")

我还尝试仅提取 URUS 并使用命令 points() 将它们单独绘制成黑色，覆盖其他点：

points(PCsurus2$PC1, PCsurus2$PC2, col="black")

但我看不出剧情有什么变化。

PC 是一个数据框，其中前两列是主成分值 1 和 2，另一列是 Superpop，带有超级种群的名称标签（如“URU”、“EUR”）。在这里我留下图表。我想将 URU 颜色从红色更改为黑色以突出显示该人群

【问题讨论】：

另请注意，points 仅适用于基础绘图，不适用于基于 grid 的图形，例如 ggplot2（它不会执行任何操作）。
哦，我不知道。谢谢你的旁注！ :)

标签： r ggplot2 colors

【解决方案1】：

我建议不要使用qplot，它会教你坏习惯，并且在让你了解语法背后的原则方面做得很差。这是ggplot() 版本的样子：

ggplot(newPC2, aes(PC1, PC2, Superpulation)) +            #Copied your misspelling(!)
  geom_point(size = 2.5) +
  scale_color_manual(values = mypal) +
  theme(legend.position="bottom")

【讨论】：

哦，抱歉，我没有注意到我的拼写错误。谢谢！我试过你的方法，但它产生了这个错误：错误：应该使用aes() or aes_()`创建映射。我一定会考虑你关于使用 ggplot 而不是 qplot 的建议，顺便说一句。
抱歉，我换了参数，现在应该可以了！你没有一个可重复的例子，所以我只是取消了袖口。