覆盖基本功能的 Rpy2 导入包答案

【问题标题】：Rpy2 import package that overrides base function覆盖基本功能的 Rpy2 导入包
【发布时间】：2015-10-07 00:10:45
【问题描述】：

我目前尝试使用 Rpy2 将 lme4 包与 lmerTest 包结合使用。后者扩展/替换了基础 summary 函数。

我是这样使用的：

import rpy2.robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
r = rpy2.robjects.r
lme4 = importr('lme4')
lmerTest = importr('lmerTest')

m = lme4.lmer("a ~ b", data=data)
r.summary(m)

现在的主要问题是，summary 仍然使用summary 的经典基函数，而不是lmerTest 提供的那个。但是，lmerTest 并没有直接提供summary 函数的接口，而只是覆盖了基础接口。因此，lmerTest.summary(m) 不起作用并产生错误。

我正在寻找一种方法来完成这项工作。

【问题讨论】：

lmer 来自哪里？
对不起，来自lme4

标签： python rpy2

【解决方案1】：

一种与 S4 系统交互的奇特方式可以是

from rpy2.robjects.methods import importr
# R package to interact with the S4 system for OOP
methods = importr('methods')
# get the method with the wanted signature. 
my_summary = methods.getMethod("summary", signature="merMod")
# I assume the signature wanted to be `merMod`
# If not sure, you can do on you object `m`:
# tuple(m.rclass)
my_summary(m)

（请参阅 rpy2 文档中的 getmethod 实际操作：http://rpy2.readthedocs.org/en/version_2.7.x/robjects_oop.html#manual-r-in-python-class-definition）。

但是，在这里我怀疑您要么在 R 的 globalenv 中创建了一个名为 summary 的函数，要么实际上没有函数 summary 用于您想要的对象。（这个例子不是自给自足的）。

【讨论】：

您的代码中有一些错误。第一行不起作用。此外，getMethod 方法不起作用。您能否针对该问题量身定制答案？
@fsociety 。小错误（import 而不是importr）。答案是没有一个自给自足的例子可以做出什么。

【解决方案2】：

summary 的签名不是 merMod，而是 merModLmerTest，虽然 m 属于 lmerMod 类：

my_summary = methods.getMethod("summary", signature="merModLmerTest")

【讨论】：