将向量和参数从 Python 传递到 R 函数

Question

我正在学习 Python 和 R，但在将参数从 Python 传递到名为“Contours”的 R 函数时遇到问题。下面的作品.....

Python (testr.py)

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('''
       source('Wrapper.R')
''')

r_myfunc = robjects.globalenv['Contours']
r_myfunc()

R（包装器.R）

source ('./DrawCompRecVark.R')
imageDirectory="./tmp/"
    Contours <- function()
    {
      k=c(0,1)
      sens=c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995)
      spec=0.8
      prev=0.001
      N=1
      uniqueId=1
      #graph
      prepareSaveGraph(imageDirectory, "PPVkSensSpec-", uniqueId)
      DrawSensSpec(k, sens, spec, prev, N)
      dev.off()

      #save the cNPV graph
      prepareSaveGraph(imageDirectory, "cNPVkSensSpec-", uniqueId)
      DrawVarcSpec(k, sens, spec, prev, N)
      dev.off()
    }

如您所知，我对 R 代码中的值的硬编码工作正常，正是从 Python 到 R 的传递让我感到震惊。 我试过这个....

R 函数

Contours <- function(k, sens, spec, prev, N, uniqueId)

并尝试像这样从 Python 传递....

r_myfunc( c(0,1), c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995), 0.8, 0.001, 1, 986)

和

r_myfunc( "c(0,1)", "c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995)", 0.8, 0.001, 1, 986)

两者都不起作用。有没有人遇到过这个？任何指向正确方向的指针将不胜感激。 JW

Answer 1

您可以像导入包一样导入 R 源代码（请参阅http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.5/html/robjects_rpackages.html#importing-arbitrary-r-code-as-a-package）

import os
from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage

with open('Wrapper.R') as fh:
    rcode = os.linesep.join(fh.readlines())
    wrapper = SignatureTranslatedAnonymousPackage(rcode, "wrapper")

现在要调用该命名空间中的函数Contours，您只需使用wrapper.Contours，但您必须使用Python 语法。在 R 中，标量是长度为 1 的向量，但在 Python 中，标量和序列完全不同。

如果你想使用 R 的c():

from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr("base")
wrapper.Contours(base.c(0,1),
                 base.c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995),
                 0.8, 0.001, 1, 986)

否则：

from rpy2.robjects.vectors import IntVector, FloatVector
wrapper.Contours(IntVector((0,1)),
                 FloatVector((0.8, 0.9, 0.95, 0.995)),
                 0.8, 0.001, 1, 986)