如何在 Python 中执行 S4 类方法（使用 rpy2）？答案

【问题标题】：How to execute S4 class method in Python (using rpy2)?如何在 Python 中执行 S4 类方法（使用 rpy2）？
【发布时间】：2020-07-24 08:20:18
【问题描述】：

我在 R 中创建了以下 S4 类，它的构造函数采用一个名为“A”的变量，它是一个字符串。该类有一个名为“test_method”的方法，该方法将字符串“B”作为输入并返回“A”是否等于“B”。

test_class <- setRefClass(
  "test_class",
  fields=list(A="character"),
  methods = list(
    test_method = function(B) {
       if (A==B) {
           return('yes')
       } else {
           return('no')
       }
    }
  )
)

现在，我可以创建此类的一个实例并在其上执行“test_method”：

object <- test_class(A='hello')
object$test_method('hi')

这会返回“否”，因为字符串不相等。

现在我想保存我制作的这个对象并从 Python 执行“test_method”。我制作了一个 RDS：

saveRDS(object, 'object.rds')

现在我知道如何使用 rpy2 将这个对象读入 Python（但是我并不关心使用哪个包，因为它可以工作）：

from rpy2.robjects import R
r = R()
r_object = r.readRDS("object.rds")

但是我现在如何执行“test_method”？我试过了，但它不起作用：

r_object.test_method('hi')

这会抛出：“AttributeError: 'RS4' object has no attribute 'test_method'”

【问题讨论】：

标签： python r rpy2 s4

【解决方案1】：

rpy2 documentation about S4 classes 没有很好地涵盖引用类，主要是因为rpy2 代码早于引用类扩展至 S4。

简而言之，S4 引用类没有映射到 Python 属性，但是编写一个子 Python 类来做这件事相对容易。

import rpy2.robjects as ro
test_class = ro.r("""
  setRefClass(
    "test_class",
    fields=list(A="character"),
    methods = list(
      test_method = function(B) {
         if (A==B) {
             return('yes')
         } else {
             return('no')
         }
      }
    )
  )
""")
s4obj = test_class(A='hello')

我们有一个相当通用的 S4 对象：

>>> type(s4obj)
rpy2.robjects.methods.RS4

编写从该泛型类继承的子类可以如下所示：

class TestClass(ro.methods.RS4): 
    def test_method(self, b): 
        return ro.baseenv['$'](self, 'test_method')(b)

强制转换简单且计算成本低（父类的构造函数只会传递一个已经是 S4 对象的 R 对象）：

s4testobj = TestClass(s4obj)

现在我们可以这样做了：

>>> tuple(s4testobj.test_method('hi'))  
 ('no',)

要在 Python 中从 R 类定义自动创建方法和属性，以及转换为自定义子级，您需要在 Python 端使用元编程，并定义自定义转换（有指向后者的链接在前面提供的文档的链接中）。

注意：如果不绑定到 S4 参考类，R6 类系统值得一看。该类系统的rpy2 映射在这里：https://github.com/rpy2/rpy2-R6。

【讨论】：