在包中使用 cbind、rbind 和 s4 类的正确方法答案

【问题标题】：Proper way to use cbind, rbind with s4 classes in package在包中使用 cbind、rbind 和 s4 类的正确方法
【发布时间】：2015-01-11 11:30:59
【问题描述】：

我使用 S4 类编写了一个包，并希望将函数 rbind、cbind 与这些定义的类一起使用。

由于似乎无法将rbind 和cbind 直接定义为S4 方法，因此我改为定义rbind2 和cbind2：

setMethod("rbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

setMethod("cbind2", signature(x="ClassA", y = "ANY"), 
    function(x, y) {
      # Do stuff ...
})

从?cbind2了解到，这些功能需要使用methods:::bind_activation激活才能从base中替换rbind和cbind。

我使用 .onLoad 函数将调用包含在包文件 R/zzz.R 中：

.onLoad <- function(...) {
  # Bind activation of cbind(2) and rbind(2) for S4 classes
  methods:::bind_activation(TRUE)
}

这按预期工作。但是，运行 R CMD check 我现在收到以下注释，因为我在方法中使用了未导出的函数：

* checking dependencies in R code ... NOTE
Unexported object imported by a ':::' call: 'methods:::bind_activation'
  See the note in ?`:::` about the use of this operator.

如何摆脱 NOTE 以及在包中为 S4 类定义方法 cbind 和 rbind 的正确方法是什么？

【问题讨论】：

您是否介意包括您尝试为其添加rbind 和cbind 方法的几个S4 类的类定义（例如setClass("ClassA",...)）？这样可以更轻松地为您的问题找到解决方案。
在这种情况下，类定义并不重要，因为它只是方法选择/调度的问题。所以你可以使用任何定义，比如 setClass("ClassA",representation(a = "numeric"))。
另外，您能否解释一下为什么“...似乎无法将 rbind 和 cbind 直接定义为 S4 方法...” - 也许添加您的试图实现这个的代码？
正如 Matrix 库中 cBind 的帮助页面中所述：基函数 cbind 和 rbind 是为任意数量的参数定义的，因此具有第一个形式参数 .... 因此，无法轻松定义 S4 方法来将继承自 Matrix 的矩阵绑定在一起。

标签： r package s4

【解决方案1】：

我认为基本上 Matrix 包中的 cBind 帮助页面在历史上是准确的，但不是最近。这是一堂课

.A = setClass("A", representation(x="numeric"))

没有泛型，所以创建一个，在 '...' 参数上调度（参见 ?setMethod 和 ?dotsMethods）

getGeneric("cbind")
## NULL
setGeneric("cbind", signature="...")
## Creating a new generic function for 'cbind' in the global environment

然后实现一个方法

setMethod("cbind", "A", function(..., deparse.level=1) "cbind,A-method")
## [1] "cbind"

最后使用它

> cbind(.A(), .A())
[1] "cbind,A-method"

只要“...”参数是相同的（可能是派生的）类就可以了，这通常足够好。

> cbind(.A(), integer())
     [,1]
[1,] ?

我相信bind_activation() 具有全局影响，而不仅仅是在您的包裹中发送；应该避免它（例如，它不再在 Matrix 包中使用）。

另外，我认为这已经在 R-devel 中更新了

r67699 |劳伦斯 | 2015-02-01 10:13:23 -0800（2015 年 2 月 1 日，星期日）| 4 线条

cbind/rbind 现在递归地委托给 cbind2 (rbind2) 时至少一个参数是 S4 对象，S3 调度失败；也考虑S4 *bind 函数中 S3 调度期间的继承。

【讨论】：