如何在 R 的 X 轴上绘制多列？答案

【问题标题】：How do I plot multiple columns on the X-axis in R?如何在 R 的 X 轴上绘制多列？
【发布时间】：2015-11-24 14:12:02
【问题描述】：

我从一组 100 个最常见于某种生物物质中的基因开始，这个列表称为“top100”。使用 MERGE，我设法从每个样本的该数据集中获取这 100 种蛋白质中的每一种的计数。我想绘制每个样本的每个单独蛋白质的计数。

所以基本上我想要一个图显示例如：蛋白质：PKM，然后为每个样本（在本例中为 N = 2）绘制计数，而不是我想对单个图中的所有 100 种蛋白质重复此过程.

            row.names   Gene.Symbol     Normalised.count.(B)        Normalised.count.(A)
    1           1           A2M             46.073855                   280.736354
    2           5           ACTN4           0.000000                    10.436296
    3           8           ALDOA           39.354751                   61.574145
    4           9           ANXA1           1.919744                    1.043630
    5           13          ANXA5           8.638848                    0.000000
    6           17          BSG             5.759232                    1.043630
    7           22          CD81            1.919744                    2.087259
    8           23          CD9             2.879616                    4.174518
    9           25          CFL1            5.759232                    10.436296
    10          26          CLIC1           1.919744                    10.436296

这是总列表的 1/10，因此对于每个基因符号，我希望将两个标准化计数值绘制在哪里

X1 = 基因符号 y= normalised.count.(A)

X2= 基因符号 y= normalised.count.(B)

这是我到目前为止排序到最终列表的内容。

 library("openxlsx") 
 library("dplyr")
 library("ggplot2")
 library('reshape2')
 library('gdata')

 protein_report <- read.xlsx(file.choose(), sheet=1)
 top100 <- read.xlsx(file.choose(), sheet=1)

 norm <- matchcols(protein_report,with = "Norm")
 top <- na.omit(merge(top100, protein_report[c("Gene.names",norm)], by.x="Gene.Symbol",by.y="Gene.names", all.x = T, all.y = F))

如何绘制这些值？

【问题讨论】：

标签： r multiple-columns

【解决方案1】：

你可以使用tidyr和gather函数首先将数据重新整形为长格式，然后用ggplot绘制它

library(tidyr)
library(ggplot2)

plotData <- protein_report %>% gather(type,Normalised.count,
                                      Normalised.count.A,Normalised.count.B)

ggplot(plotData,aes(x=Gene.Symbol,y=Normalised.count,color=type) + 
       geom_line()    ## For a line plot

【讨论】：