空间权重：非对称邻接矩阵？

Question

我正在创建一个邻接矩阵以在 R 中进行空间分析。数据都是美国大陆的县。我从美国人口普查老虎文件中获得了县空间多边形。

我能够创建邻居列表，并且它是对称的。但是当我将其转换为邻接矩阵时，它不是对称的。这是一个问题，因为我的目标是使用 ngspatial::autologistic 运行空间自逻辑模型，但我得到一个错误，我必须提供一个对称的二进制邻接矩阵。

这是我创建邻接矩阵的 R 代码：

us<-readShapeSpatial("County_2010Census_DP1.shp")
#Trim out counties outside of continental US
us2<-us[!substr(us$GEOID10,1,2)%in%c('02','60','66','78','15','72'),]
us2.nb = poly2nb(us2)
is.symmetric.nb(us2.nb) #Comes out true
us2.adj = nb2mat(us2.nb, style="B",zero.policy=F)
isSymmetric(us2.adj) #comes out false

顺便说一句，我可以毫无问题地将splogit 与这个邻接矩阵一起使用。我不是空间分析方面的专家，所以我不能说我知道这些命令中发生了什么。

Answer 1

矩阵us2.adj 是对称的。问题出在测试上。原来，

isSymmetric(us2.adj)

使用all.equal(...) 测试矩阵与它的转置是否相等，all.equal(...) 检查属性和值。 nb2mat(...) 创建一个矩阵，其中行名设置为多边形 ID，列名未设置。所以all.equal(...) 返回FALSE，因此isSymmetric(...) 也是如此。显然，autologistic(...) 函数使用了相同的测试。

us2.adj <- nb2mat(us2.nb, style="B",zero.policy=F)
isSymmetric(us2.adj)
# [1] FALSE
isSymmetric(us2.adj,check.attributes=FALSE)
# [1] TRUE

简单的解决方案是将列名设置为行名，或者将行名设置为NULL。

x <- us2.adj
colnames(x) <- rownames(x)
isSymmetric(x)
# [1] TRUE
y <- us2.adj
rownames(y) <- NULL
isSymmetric(y)
# [1] TRUE

顺便说一句，我认为这个问题在 18 小时内没有得到解答的原因是您没有提供指向您的 shapefile 的链接。如果您不提供可重复的示例，则成员倾向于忽略或否决该问题。有关说明，请参阅this link