使用 ggplot2 在热图中绘制级别答案

【问题标题】：Plot Levels in a heatmap with ggplot2使用 ggplot2 在热图中绘制级别
【发布时间】：2017-03-02 10:12:14
【问题描述】：

我有一个数据框，第一列中有几个样本，第二列中有一个因子，有 22 个级别。 head(df) 的示例输出：

  Sample    Chromosome
1  Sample2         chr10
2  Sample2         chr9
3  Sample3         chr10
4  Sample3         chr20
5  Sample3         chr10
6  Sample1         chr1

由于正常图的数据很多，因此我打算制作每个样本 chr10 分布的热图。例如 Sample2 在 chr10 上出现 2000 次。

我希望 ggplot 可能会接受 chr 因子及其水平作为尺度，但它没有。

这是我尝试过的：

ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome))+
  geom_tile(aes(fill=Chromosome),color = "white")+
  scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

大约有 50 个独特的样本，它们在染色体因子的 22 个级别上有一定的分布。

任何帮助将不胜感激。谢谢！

【问题讨论】：

ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome)) + stat_density_2d(geom = "raster", aes(fill = ..density..), contour = FALSE)?
不幸返回错误：Computation failed in stat_density2d(): bandwidths must be strictly positive
我不太清楚你想要什么：你想要一个热图，其中一个轴上有样本，另一个轴上有染色体，颜色对应于每个样本中染色体的频率吗？
抱歉描述不清楚：我想要一个热图样本 x 染色体，其中颜色（渐变）对应于在给定染色体上发现样本的频率计数。假设样本 1 在 chr1 上被找到 300 次，在 chr3 上被找到 500 次，样本 4 在 chr20 上被找到 500 次，在 chr1 上被找到 50 次，在 chr19 上被找到 600 次。我希望这能让它更清楚。感谢您的帮助！

标签： r plot ggplot2

【解决方案1】：

如果我理解正确，您需要一个 Sample×Chromosome 图，其填充颜色对应于每条染色体的样本数。这可以通过使用 2D 分箱统计轻松实现：

ggplot(data) +
    aes(Sample, Chromosome) +
    geom_bin2d()

【讨论】：

感谢您的帮助，它运行良好。有没有办法调整渐变比例？
@chrys 当然。在什么意义上调整？您可以查看文档中的 scale_fill_{continuous,manual,brewer} 函数。您可以进行大量自定义，包括配色方案、限制、中断等。
从那以后我想给规模更大的范围。例如，500 的计数与 2000 的计数没有明显区别，因为它处于相同的色谱中。在情节中，我会说添加更多刻度。