更改矩阵列名的级别以绘制热图

Question

我有我的矩阵，我准备使用 R 中的 pheatmap 包绘制热图。

我的矩阵是这样的：

Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9

如果我不对列进行聚类，热图会将列排序为 A、B 和 C。如果我想将顺序设置为 B、C、A 怎么办？

我试过了：

colnames(matrix)<-factor(colnames(matrix),levels = c("B","C","A"))

但它不起作用。

Answer 1

只需手动重新排列矩阵的列即可。

mat <- as.matrix(data.frame(df[, -1], row.names = df[, 1]))

library(pheatmap)
pheatmap(mat[, c("B", "C", "A")], cluster_rows = F, cluster_cols = F)

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样本数据

df <- read.table(text =
    "Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9", header = T)