networkx/igraph (Python) 上的指定边长答案

【问题标题】：Specified edge lengths on networkx/igraph (Python)networkx/igraph (Python) 上的指定边长
【发布时间】：2009-12-05 06:06:49
【问题描述】：

我想用我拥有的数据来可视化一个网络，并想用特定的边长来绘制它们。我使用 Python，并且尝试使用 networkx 和 igraph 进行绘图，但似乎都指定了固定的边长。

a.) 我想知道是我做错了代码还是这些软件包真的没有能力。如何正确实现 networkx 或 igraph 的指定边长？

b.) 如果 networkx 和 igraph 不能做到这一点，你可能会建议什么包？（最好能承载8万以上节点）

谢谢！

【问题讨论】：

一般网络/图形绘图程序不允许您指定固定边长，因为如果您还固定边长，则并非所有图形都可以绘制。想象一个边长为 1,1,100 的三角形。所以如果有一个包，它就不是一个通用的绘图包。要么你的图表有什么特别之处使它成为可能，要么你必须自己编程。

标签： python graphviz networkx igraph

【解决方案1】：

这应该可行：

import networkx as NX
import pygraphviz as PG

G = PG.AGraph()
nlist = "A B C D E".split()
a, b = "A A B", "B C D"
elist = zip(a.split(), b.split())

G.add_nodes_from(nlist)
G.add_edges_from(elist)
G.node_attr.update(color="red", style="filled")
G.edge_attr.update(color="blue", len="2.0", width="2.0")

print(G.edge_attr)
# returns {'color': 'red', 'width': '', 'len': '2.0'}

# add new edge with custom length (all others have length=2.0):
G.add_edge("C", "E", len="3.0", color="blue", width="2.0")

edge = G.get_edge("C", "E")
print(edge_attr)
# returns {'color': 'blue', 'width': '2.0', 'len': '3.0'}

# and you can confirm that introspection by drawing & printing this graph:
G.draw('somefolderandfilename.png', format='png', prog='neato')

大多数图形绘制算法都使用某些版本的 SMACOF，这当然会改变边长；但是，graphviz 布局引擎 'neato'（作为上面 'draw' 的第二个参数提供）应该尽可能保留用户设置的边长。

我在这里使用的库肯定足够强大，可以处理 80,000 个节点。

【讨论】：

你能展示如何用graphviz包而不是pygraphviz做同样的事情吗？
上述答案不如@doug 承诺的那么好。这个“graphviz 布局引擎 'neato' 应该尽可能保留用户设置的边长。”根本不是真的。我创建了几个最小生成树图，其中用户给定的长度完全可以保留，但它仍然没有。当有多个节点（例如 +30）时，该问题尤其明显。尽管如此，这是迄今为止我发现的最好的 Python 算法。