【问题标题】:Python: Using NiBabel to write .hdr/.img nifti filesPython:使用 NiBabel 编写 .hdr/.img nifti 文件
【发布时间】:2017-01-31 22:19:46
【问题描述】:

尝试使用 nibabel 从 dicom 转到 nifti。正在寻找单独保存标题和图像的方法,我已经完成了其余的工作。

nibabel.Nifti1Header 有一个 write_to 函数,但只接受一个 fileobj。如何将带有保存文件路径名的 Nifti1Header 实例传递给该方法?说需要 2 个参数,但是你输入了一个字符串路径名,它不喜欢这个字符串。

nibabel.save 方法采用 img 矩阵、仿射矩阵和标头,但是只能以组合 .nii 格式保存,这会将标头字典中的“魔术”元素更改为 n+1 而不是单独所需的 ni1 .hdr/.img

我已经准备好了我的标题,而图像,只是找不到保存它们的方法。

谢谢

【问题讨论】:

标签: python dicom nifti


【解决方案1】:

对于那些感兴趣的人,

import nibabel as nib


img = nib.Nifti1Image(array, affine, header)

nib.nifti1.save(img, os.getcwd()+'{}'.format(r'\test.img'))

这将保存单独的 .img 和 .hdr 文件

【讨论】:

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