如何将 3D numpy 数组转换为 nibabel 中的 nifti 图像？

Question

从这个问题 How to convert Nifti file to Numpy array? ，我创建了一个 3D numpy 数组的 nifti 图像。我对这个数组做了一些修改，比如我通过添加零填充来改变数组的深度。现在我想将此数组转换回 nifti 图像，我该怎么做？

我试过了：

imga = Image.fromarray(img, 'RGB')
imga.save("modified/volume-20.nii")

但它无法识别 nii 扩展名。我也试过了：

nib.save(img,'modified/volume-20.nii')

这也不起作用，因为如果我想使用 nib.save 功能，img 必须是 nibabel.nifti1.Nifti1Image。在上面的两个示例中，img 是一个 3D numpy 数组。

Answer 1

假设你是一个 numpy 数组并且你想使用nib.save 函数，你需要先得到affine 的转换。

例子：

# define the path to the data
func_filename = os.path.join(data_path, 'task-rest_bold.nii.gz')

# load the data
func = nib.load(func_filename)

# do computations that lead to a 3D numpy array called "output"
# bla bla bla
# output = np.array(....)

# to save this 3D (ndarry) numpy use this
ni_img = nib.Nifti1Image(output, func.affine)

nib.save(ni_img, 'output.nii.gz')

现在您可以将output.nii.gz 覆盖到task-rest_bold.nii.gz 上