【问题标题】:ImageJ / Fiji: detailed procedure of importing text image sequence by macros?ImageJ / Fiji:通过宏导入文本图像序列的详细过程?
【发布时间】:2015-09-03 17:06:53
【问题描述】:

ImageJ 或 Fiji 似乎没有关于如何导入文本图像序列的官方插件。正如我搜索的那样,它只是可能通过使用宏来实现。我通过搜索找到了这个脚本:

dir = getDirectory("Choose directory");
list = getFileList(dir);
run("Close All");
setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
 file = dir + list[i];
 run("Text Image... ", "open=&file");
}
run("Images to Stack", "use");
setBatchMode(false);

我尝试使用这个脚本,所以我将它保存在一个文本文件 (ImportTextImageSequence.txt) 中。然后打开斐济Plugins&gt;Macros&gt;Install... 并选择上面的文本文件。后来看到一条短信:

已安装 1 个宏。

然后我去了Plugins&gt;Macros&gt;Run...并再次选择了'/opt/Fiji/plugins/'处的.ijm安装文件(ImportTextImageSequence.ijm)。一个新窗口打开,标题为“选择目录”。看起来宏正在工作,但我不知道以后应该选择哪个目录。我试图选择包含我的文本图像的目录(image_01.txt,image_02.txt,...),但它给了我这个错误消息:

第 2 行的长度与第一行不同。

另外,当我尝试通过File&gt;Import&gt;Image Sequence... 打开时,我看到了这条消息:

该文件夹不包含任何 TIFF、JPEG、BMP、DICOM、GIF、 FITS 或 PGM 文件。

这意味着至少在斐济的这一部分没有安装文本图像序列。

我搜索了很多,但找不到任何人详细解释了该过程。我是在斐济使用宏的新手。也许我错过了一些简单的事情。如果有人可以帮助我,我将不胜感激。

附:我的 Fiji 在 CentOS 7 上更新,我之前使用过它,在图像处理和导入 TIFF 图像序列方面没有任何问题。

【问题讨论】:

  • 您的宏在我从脚本编辑器运行时对我有用,并在通过 文件 > 另存为 > 文本图像保存后在 Blob 示例图像上对其进行测试... 在新文件夹中多次使用不同的名称。您是否尝试手动打开其中一张图片?错误消息表明您的一个文件的内容不兼容(每行的条目数不同)。
  • 终于解决了!你说的对。实际上,我的文本图像是相同且兼容的,因为我可以手动打开所有内容。我创建了一个新文件夹并将文本图像文件放入其中,它可以工作。以前,文件夹中还有其他文件,我猜宏会先读取那些不相关的文件。所以这就是为什么我收到关于第 1 行和第 2 行不一致的错误消息。所以我认为将所有文本图像文件专门放在一个特定文件夹中更安全。非常感谢您的帮助。

标签: macros imagej


【解决方案1】:

问题终于解决了!

我创建了一个新文件夹并将文本图像文件放入其中,它可以工作。以前,文件夹中还有其他文件,我猜宏会先读取那些不相关的文件。所以这就是为什么我收到关于第 1 行和第 2 行不一致的错误消息:

第 2 行的长度与第一行不同。

总之,我建议任何希望使用此宏的人将所有文本图像文件单独放在一个特定文件夹中,而不是将其他文件放在该文件夹中更安全。这些步骤足以运行宏:Plugins&gt;Macros&gt;Run...

正如我之前提到的,将打开一个新窗口,您只需选择包含所有文本图像文件的文件夹。

【讨论】:

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