【发布时间】:2015-09-03 17:06:53
【问题描述】:
ImageJ 或 Fiji 似乎没有关于如何导入文本图像序列的官方插件。正如我搜索的那样,它只是可能通过使用宏来实现。我通过搜索找到了这个脚本:
dir = getDirectory("Choose directory");
list = getFileList(dir);
run("Close All");
setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
file = dir + list[i];
run("Text Image... ", "open=&file");
}
run("Images to Stack", "use");
setBatchMode(false);
我尝试使用这个脚本,所以我将它保存在一个文本文件 (ImportTextImageSequence.txt) 中。然后打开斐济Plugins>Macros>Install... 并选择上面的文本文件。后来看到一条短信:
已安装 1 个宏。
然后我去了Plugins>Macros>Run...并再次选择了'/opt/Fiji/plugins/'处的.ijm安装文件(ImportTextImageSequence.ijm)。一个新窗口打开,标题为“选择目录”。看起来宏正在工作,但我不知道以后应该选择哪个目录。我试图选择包含我的文本图像的目录(image_01.txt,image_02.txt,...),但它给了我这个错误消息:
第 2 行的长度与第一行不同。
另外,当我尝试通过File>Import>Image Sequence... 打开时,我看到了这条消息:
该文件夹不包含任何 TIFF、JPEG、BMP、DICOM、GIF、 FITS 或 PGM 文件。
这意味着至少在斐济的这一部分没有安装文本图像序列。
我搜索了很多,但找不到任何人详细解释了该过程。我是在斐济使用宏的新手。也许我错过了一些简单的事情。如果有人可以帮助我,我将不胜感激。
附:我的 Fiji 在 CentOS 7 上更新,我之前使用过它,在图像处理和导入 TIFF 图像序列方面没有任何问题。
【问题讨论】:
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您的宏在我从脚本编辑器运行时对我有用,并在通过 文件 > 另存为 > 文本图像保存后在 Blob 示例图像上对其进行测试... 在新文件夹中多次使用不同的名称。您是否尝试手动打开其中一张图片?错误消息表明您的一个文件的内容不兼容(每行的条目数不同)。
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终于解决了!你说的对。实际上,我的文本图像是相同且兼容的,因为我可以手动打开所有内容。我创建了一个新文件夹并将文本图像文件放入其中,它可以工作。以前,文件夹中还有其他文件,我猜宏会先读取那些不相关的文件。所以这就是为什么我收到关于第 1 行和第 2 行不一致的错误消息。所以我认为将所有文本图像文件专门放在一个特定文件夹中更安全。非常感谢您的帮助。