将插件合并到 ImageJ/FIJI 宏 (bUnwarpJ)答案

【问题标题】：Incorporating a plugin into an ImageJ/FIJI Macro (bUnwarpJ)将插件合并到 ImageJ/FIJI 宏 (bUnwarpJ)
【发布时间】：2018-03-11 02:58:11
【问题描述】：

我正在尝试将插件 bUnwarpJ 集成到我一直在编写的 ImageJ 宏中。目的是调用这个插件，允许用户定义参数并运行它。这个插件有一个选项来保存用户定义的参数，即“保存地标”。我也希望通过在我的插件中调用： call("bunwarpj.bUnwarpJ_.saveLandmarks", output folder) 来执行此操作。

目前，代码为：

run("bUnwarpJ");
call("bunwarpj.bUnwarpJ_.saveLandmarks", output folder);

问题是一旦 bUnwarpJ 完成，就不能调用 'save landmarks' 方法，也会丢失用户输入的数据。你会如何解决这个问题？

一个想法是有一个弹出窗口（在运行命令之前），它不会暂停用户交互，当用户完成定义地标时，他们可以在执行 call() 的这个窗口上单击 OK，从而节省bUnwarpJ 运行时的地标。我遇到的问题是大多数弹出窗口会暂停其余的代码。理想情况下是这样的：

#command for popup window here
run("bUnwarpJ"); #when user is finished, they click Ok on the box above

#执行：call("bunwarpj.bUnwarpJ_.saveLandmarks", 输出文件夹);

感谢任何帮助。谢谢！

【问题讨论】：

标签： imagej fiji

【解决方案1】：

用户是否通过创建 ROI 或其他可能需要他们实际与图像交互的方式来定义地标？如果没有，和/或可以提前生成这些地标值（使用单个图像作为批处理的模板），您可以考虑只添加一个请求地标值的用户界面/对话框，然后将它们保存为变量集或数组。如果这听起来像是在正确的轨道上，请告诉我，我可以尽力帮助您进行设置。

【讨论】：

【解决方案2】：

使用初始对话框肯定是获取输入参数的最简单方法。如果由于某种原因这不起作用，您可以考虑输入如下一行：

run("bUnwarpJ");
waitForUser("Input Your Parameters");

我没有使用过 UnwarpJ，但是如果用户打算执行除参数输入以外的步骤，waitForUser 命令应该允许宏暂停手动输入。否则，ejkiely 的建议将是最快的解决方案。

【讨论】：