【发布时间】：2012-03-13 01:20:49
【问题描述】：
我正在使用 R 和 Sweave 生成报告。
R CMD Sweave MyReport.Rnw
我希望能够向 R 代码发送参数，因为报告当然是“动态”。所以，我希望能够执行以下操作：
R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId=5
...让 R 代码读取变量中的 PatientId 值...
我该怎么做？有人提到使用环境变量，但这似乎是一个不优雅的解决方案。
【问题讨论】：
【发布时间】：2012-03-13 01:20:49
【问题描述】：
要获取从 R 命令行传递的参数，您可以使用函数 commandArgs()，但不幸的是 R CMD Sweave 不支持额外的命令行选项。但是，您仍然可以通过R -e 致电 Sweave，例如
R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1
在MyReport.Rnw 中，您对commandArgs(TRUE) 进行一些文本处理，在这种情况下会为您提供字符串PatientId=1。
但我认为更好的做法是在 R 脚本中直接使用函数Sweave()；例如在这种情况下，您可以在
PatientId <- 1
Sweave("MyReport.Rnw")
在MyReport.Rnw 中，您直接使用全局变量PatientId。如果你想生成一系列报告，你甚至可以使用PatientId的循环。
【讨论】：
您需要“写入”可以“读取”的值：
如上所述，环境变量是
sys.getenv()的一种简单方法您可以读取的配置或数据文件
数据库存储
etc pp. 回想一下，R 代码确实是执行，所以你总是可以分两步进行：
rScriptOne.r # write to foo.txt
R CMD Sweave MyReport.Rnw # reads from foo.txt
【讨论】：
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我经常不喜欢使用环境变量，我认为这在可重复性研究中不是一个好习惯，因为环境变量通常特定于一个单一的系统。
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它们也不是我最喜欢的，但 R 例如在幕后使用它们一公吨，并且在不同的平台和系统上成功地这样做了。