Sweave 无法加载 R 包

Question

我将 R 升级到 v2.14.0，随着升级，我决定将标准包存储库移至 Dropbox，以便笔记本电脑和台式机始终保持同步。 我在.Renviron 中设置了我的R_LIBS=/Dropbox/ToolBox/R/packages，当打开Rstudio 或R.app (mac) 时，我得到以下命令：

> Sys.getenv("R_LIBS")
[1] "/Dropbox/Toolbox/R/packages"

> .libPaths()
[1] "/Dropbox/Toolbox/R/packages"      
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"
[3] "/Applications/RStudio.app/Contents/Resources/R/library

但是当我在 .Snw (Textmate+Sweave) 中运行相同的命令时，我得到：

> Sys.getenv("R_LIBS")
[1] ""

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"

正如您在上面看到的，当我从 Sweave 调用 R 时，它只会获取标准存储库。我已经创建了 Renviron.site、Rprofile.site、阅读 help(Startup) 以下类似问题 q1 和 q2 没有成功。

谁能告诉我一些关于如何解决这个问题的信息（一步一步）？

更新： 当我从 R 中扫描我的 .Snw 时，它会拾取所有正确的文件夹。我不知道为什么当从 textmate 完成时会做不同的事情。

有什么想法吗？

Answer 1

感谢 Josh，我意识到问题不在于 R 本身，而在于 textmate。

由于选项 --vanilla 在两个包中都设置为默认选项，Sweave 和 R 包都没有获取我的本地存储库。

这是我的解决方案：

R 捆绑包

1. 打开终端并转到 $HOME/Library/Application Support/TextMate/Pristine Copy/Bundles
2. 输入 >mate R.tmbundle 这将直接在 textmate 中打开 R 包
3. 在支持文件夹中有一个名为 tmR.rb 的文件
4. 向下滚动直到找到这一行： stdin, stdout, stderr, pid = my_popen3("R --vanilla --slave --encoding=UTF-8 2>&1")
5. 删除 --vanilla 选项并保存

编织包

1. 在 Textmate 中，转到 Bundles>Bundles Editor>Show Bundles Editor
2. 点击 Sweave 捆绑包展开
3. 转到 Sweave、Typset & View 并向下滚动，直到看到以下行：echo -e "setwd('$SW')\nSweave('$TM_FILEPATH')" | R --vanilla --quiet | pre
4. 将 --vanilla 更改为 --save
5. 重新加载包

快乐的日子又回来了:-)

Answer 2

尝试在位于$R_HOME/etc/ 的"Rprofile.site" 文件中添加这样的一行。 （这里，$R_HOME 是在活动的R 会话中运行R.home() 返回的目录。）

（您还需要从以下位置删除（可能是暂时的）任何 ".Rprofile" 文件：(a) 您的主目录；和 (b) 当前目录（从中启动 R/Sweave）。）

.libPaths(c("/Dropbox/Toolbox/R/packages", 
            .libPaths()))

然后，如果这不能彻底解决问题（它确实对我有用），Sweave 然后将 LaTeX 应用到包含以下块的骨架.Snw 文档。

<<>>=
R.home()
.libPaths()
@

输出应该为您的问题根源提供一些有用的提示。