如何生成具有给定值的所有观察值的列表/表格。在 R 中答案

【问题标题】：How to generate list/table of all the observations with a given value. In R如何生成具有给定值的所有观察值的列表/表格。在 R 中
【发布时间】：2021-08-04 11:37:22
【问题描述】：

我有一个大型数据集 (asv_ar2)，指示给定物种在给定位置被记录的次数。如下所示：

Specie	loc1	loc2	loc4
sp1	0	1	4
sp2	7	3	2
sp3	3	1	0

我想为每个物种获取一个列表/表格，其中包含找到它的位置（该变量的值不为 0）。比如：

sp1 loc2, loc4
sp2 loc1, loc2, loc4
sp3 loc1, loc2

或相反，在某个位置发现的物种。

我可以使用 dplyr 的过滤功能选择值>0 的行，但只能逐个位置。 a1<-filter(asv_ar2,asv_ar2[,2]>0)[,c(1,2,8)] 我尝试制作一个将它们连接在一起的循环，但它只显示第一个位置

for(i in 2:1156){ locs<-filter(asv_ar2,asv_ar2[,i]>0)[c(1,i)]}

我不知道如何加入所有迭代。或者如果有更好的方法来完成这一切。

有什么建议吗？

谢谢

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

我希望这是你的想法：

library(dplyr)
library(tidyr)
library(purrr)

df %>%
  mutate(data = pmap(df %>% select(!Specie), ~ names(c(...)[c(...) != 0]))) %>%
  unnest_wider(data)


# A tibble: 3 x 8
  Specie  loc1  loc2  loc3  loc4 ...1  ...2  ...3 
  <chr>  <int> <int> <int> <int> <chr> <chr> <chr>
1 sp1        0     1     0     4 loc2  loc4  NA   
2 sp2        7     3     0     2 loc1  loc2  loc4 
3 sp3        3     1     0     0 loc1  loc2  NA

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以添加一个列名的新列，其中该列的值连续大于 0。

asv_ar2$locs <- apply(asv_ar2[-1] > 0, 1, function(x) 
                      toString(names(asv_ar2[-1])[x])) 

asv_ar2

#  Specie loc1 loc2 loc3 loc4             locs
#1    sp1    0    1    0    4       loc2, loc4
#2    sp2    7    3    0    2 loc1, loc2, loc4
#3    sp3    3    1    0    0       loc1, loc2

在dplyr 中，您可以使用rowwise：

library(dplyr)

asv_ar2 %>%
  rowwise() %>%
  mutate(locs  = toString(names(.[-1])[c_across(starts_with('loc')) > 0]))

【讨论】：

谢谢，这正是我想要的！

【解决方案3】：

我们可以在tidyverse 中以更矢量化的方式执行此操作，即不使用rowwise。在这里，我们循环across'loc'列，如果值不为0，则返回列名（cur_column）（默认case_when返回为NA），指定.names以创建新列通过添加后缀或前缀 (_new)，然后使用 unite 将这些“_new”列折叠成一个列

library(dplyr)
library(tidyr)
df1 %>% 
   mutate(across(starts_with('loc'), ~ case_when(. != 0 ~ cur_column()), 
     .names = '{.col}_new')) %>% 
   unite(locs, ends_with('new'), sep=", ", na.rm = TRUE)
#  Specie loc1 loc2 loc3 loc4             locs
#1    sp1    0    1    0    4       loc2, loc4
#2    sp2    7    3    0    2 loc1, loc2, loc4
#3    sp3    3    1    0    0       loc1, loc2

数据

df1 <- structure(list(Specie = c("sp1", "sp2", "sp3"), loc1 = c(0L, 
7L, 3L), loc2 = c(1L, 3L, 1L), loc3 = c(0L, 0L, 0L), loc4 = c(4L, 
2L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L))

【讨论】：

【解决方案4】：

你可以这样做：

apply(df, 1, function(x) paste(x[1], paste(names(which(x[-1] > 0)), collapse = ", ")))
[1] "sp1 loc2, loc4"       "sp2 loc1, loc2, loc4" "sp3 loc1, loc2"

【讨论】：