本地 BLAST Swissprot 数据库错误答案

【问题标题】：Local BLAST Swissprot Database error本地 BLAST Swissprot 数据库错误
【发布时间】：2013-06-27 13:26:57
【问题描述】：

我正在尝试在我的机器 (Mac) 上运行独立的 ncbi-blast-2.2.28+，但在使用 SwissProt 数据库运行 blastp 时收到此错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

我做了什么：

1) 从ncbi服务器下载“ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz”并解压

2）将文件夹的bin内容移动到我的$PATH目录“/Users/me/bin”

3) 在“/Users/me/bin”中，我创建了一个“db”文件夹，以及包含以下路径的“.ncbirc”文件：

[BLAST]
BLASTDB=/Users/me/bin/db

4) 我下载了 SwissProt 数据库，在“/Users/me/bin/db/”中得到了以下文件：

swissprot.00.msk
swissprot.01.msk
swissprot.02.msk
swissprot.03.msk
swissprot.04.msk
swissprot.05.msk
swissprot.06.msk
swissprot.07.msk
swissprot.08.msk
swissprot.09.msk
swissprot.10.msk
swissprot.00.pal
swissprot.01.pal
swissprot.02.pal
swissprot.03.pal
swissprot.04.pal
swissprot.05.pal
swissprot.06.pal
swissprot.07.pal
swissprot.08.pal
swissprot.09.pal
swissprot.10.pal
swissprot.pal

然后，当我从任何工作目录（我的查询文件所在的位置）运行 blastp 时，使用以下命令：

blastp -query input.fasta -db swissprot

我收到以下错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

当我在其他线程上阅读时，我还尝试在命令行中提及 db 所在的整个路径，并从文件名中删除 .pal 扩展名。但是还是不行。

谁能看到我做错了什么？！！！！

【问题讨论】：

标签： blast ncbi

【解决方案1】：

您将数据库文件存储在 db 文件夹中，因此您必须给出此命令而不是您使用的命令：

blastp -query input.fasta -db db/swissprot

而且我相信您正在控制台本身中寻找输出，因为您没有使用 -out 选项。

只有当 db 文件夹所在的 bin 目录被声明为环境变量时，这才有效。

【讨论】：

【解决方案2】：

您检查过 .pal 文件中的路径吗？

【讨论】：

【解决方案3】：

您下载的 Swissprot 数据库仅包含指向 nr 数据库中条目的链接：“nr - 非冗余 GenBank CDS 翻译 + PDB + SwissProt + PIR + PRF，不包括 env_nr 中的条目”。因此，您应该另外下载 nr 数据库，以便在您的机器上使用 SwissProt 数据库运行独立爆炸。它重约 20 (!) Gb，但没有它，您的爆炸将无法工作。这是一个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

【讨论】：

【解决方案4】：

将 00 到 10 文件夹中的所有文件放入 db 中，然后检查 .pal 文件是否应包含 00 到 10 部分，例如对于 nr 数据库之类的

“nr.00”“nr.01”“nr.02”“nr.03”“nr.04”“nr.05”“nr.06”“nr.07”“nr.08”“nr .09" "nr.10"

【讨论】：