本地 BLAST NCBI C++ 异常答案

【问题标题】：Local BLAST NCBI C++ Exception本地 BLAST NCBI C++ 异常
【发布时间】：2022-01-19 01:37:28
【问题描述】：

我在尝试对本地 nt 数据库使用 blast v2.12 时遇到错误。我从 ftp 服务器下载了 nt 两次，以为第一次它已损坏，但这并没有改变任何东西。

我的命令是：

blastn -db nt -num_threads 8 -outfmt "6 qseqid sacc stitle ssciname nident qlen" -num_alignments 10000 -query QUERY > OUT.csv

错误是：

Error: NCBI C++ Exception:
    T0 "/build/ncbi-blast+-S1iyIZ/ncbi-blast+-2.9.0/c++/src/serial/objistrasnb.cpp", line 499: Error: byte 90: overflow error ( at [].[].gi)
    T0 "/build/ncbi-blast+-S1iyIZ/ncbi-blast+-2.9.0/c++/src/serial/member.cpp", line 769: Error: ncbi::CMemberInfoFunctions::ReadWithSetFlagMember() - error while reading seqid ( at Blast-def-line-set.[].[].seqid.[].[].gi)

我尝试了多个查询。以下实际有效：

TGTTCACACCTCACTTCTTAACTATTATATCATTATTTTGACAAACAGACTACAAATGTAATATTATTGGATTACATTTGTAGTACAAAAGGAGGAAGAGATGAAAAAAATTTATATTAGTGTGCTAGTTCTTTTACTAATTATGATTATAATAACTTGGTTATTCAAAGATGACGATATTGAGAAAACAATTAGTTCTATTGAAAAAGGAAACTATAACGAAGTATATAAAAATAGTTCAGAAAAATCTAAACTGGCATATGGAGAAGAAGAAATTGTAGATAGGAATAAAAAAATTTACAAAGATTTAAGTGTCAATAACTTAAAAATTACTAATCATGAAATTAAAAAAACTGGAAAAGATAAAAAGCAAGTTGATGTTAAATATAACATATATACAAAATATGGAACTATACGACGTAATACACAATTAAACTTTATTTATGAAGATAAGCATTGGAAATTAGATTGGAGACCAGACGTAATAGTACCTGGTTTGAAAAATGGACAGAAAATTAATATAGAAACATTAAAATCAGAGCGAGGCAAAATAAAAGATAGAAATGGTATAGAATTAGCTAAAACTGGAAATACATATGAAATCGGTATTGTCCCTAACAAAACACCCAAAGAAAAATATGATGATATTGCTCGTGACTTACAAATTGATACAAAAGCTATAACCAATAAAGTTAATCAAAAATGGGTTCAGCCAGATTCATTTGTACCAATTAAAAAGATAAATAAACAAGATGAATATATAGACAAATTAATTAAATCATACAATTTACAAATAAACACTATAAAAAGCCGTGTTTATCCATTGAACGAAGCAACAGTACACCTTTTAGGTTATGTGGGTCCAATTAATTCTGACGAGTTAAAAAGTAAGCAATTTAGAAACTATAGCAAAAATACTGTTATTGGAAAAAAAGGCTTAGAACGCCTCTATGATAAACAATTGCAAAACACTGATGGTTTTAAGGTATCCATTGCAAATACTTATGACAATAAACCTTTAGACACATTATTGGAGAAAAAGGCTGAAAACGGAAAAGATCTTCATTTAACTATAGATGCTAGAGTACAAGAAAGTATTTATAAACATATGAAAAATGACGATGGATCTGGTACAGCATTACAACCAAAAACTGGAGAAATTTTAGCTTTGGTAAGTACCCCATCGTACGATGTTTATCCATTCATGAATGGATTAAGCAATAATGACTACCGTAAATTAACTAACAATAAAAAAGAGCCTTTGCTCAACAAATTTCAAATCACTACATCACCAGGTTCAACCCAAAAAATATTAACATCTATTATAGCCTTAAAAGAAAATAAACTAGACAAAAATACTAATTTTGATATTTATGGTAAGGGTTGGCAAAAAGATGCATCATGGGGTAATTATAATATCACAAGATTTAAAGTAGTAGACGGCAATATCGATTTAAAGCAAGCAATAGAATCATCAGACAACATATTTTTTGCCCGCATTGCATTAGCATTAGGAGCCAAAAAATTTGAGCAAGGTATGCAAGATTTGGGAATCGGTGAAAATATCCCGAGTGATTATCCCTTTTATAAAGCACAAATCTCAAATAGTAATTTAAAAAATGAAATATTATTAGCAGATTCAGGATATGGCCAAGGCGAGATACTAGTAAACCCTATACAAATTTTATCAATATACAGTGCTTTAGAAAATAACGGAAATATACAAAATCCTCATGTTTTACGTAAAACAAAATCTCAAATATGGAAAAAAGATATTATACCTAAAAAAGACATAGATATATTAACTAATGGTATGGAACGTGTAGTTAATAAAACACATAGGGATGATATATACAAAAATTATGCCCGAATTATTGGTAAATCTGGCACAGCAGAATTAAAAATGAATCAAGGGGAAACTGGAAGACAAATAGGTTGGTTTGTTTCATATAATAAAAATAATCCTAATATGTTAATGGCGATTAATGTTAAAGACGTTCAAAATAAAGGGATGGCCAGCTATAATGCTACTATATCTGGAAAAGTTTATGATGATTTGTATGATAATGGAAAAACTCAATTTGATATAGATCAGTAATTCGAATACTTCTTTTGACTTGGTATTAATTAAAAATAATAGTGAGAAGCGTTTCCACAAAGATTACATTTGTAATATATAGGAGGAATAAAATTGAAAA

但是这个（和其他）不起作用：

ATGAAAAAGATAAAAATTGTTCCACTTATTTTAATAGTTGTAGTTGTCGGGTTTGGTATATATTTTTATGCTTCCAAAGATAAAGAAATTAATAATACTATTGATGCAATTGAAGATAAAAATTTCAAACAAGTTTATAAAGATAGCAGTTATATTTCTAAAAGCGATAATGGTGAAGTAGAAATGACTGAACGTCCGATAAAAATATATAATAGTTTAGGCGTTAAAGATATAAACATTCAGGATCGTAAAATAAAAAAAGTATCTAAAAATAAAAAACGAGTAGATGCTCAATATAAAATTAAAACAAACTACGGTAACATTGATCGCAACGTTCAATTTAATTTTGTTAAAGAAGATGGTATGTGGAAGTTAGATTGGGATCATAGCGTCATTATTCCAGGAATGCAGAAAGACCAAAGCATACATATTGAAAATTTAAAATCAGAACGTGGTAAAATTTTAGACCGAAACAATGTGGAATTGGCCAATACAGGAACAGCATATGAGATAGGCATCGTTCCAAAGAATGTATCTAAAAAAGATTATAAAGCAATCGCTAAAGAACTAAGTATTTCTGAAGACTATATCAAACAACAAATGGATCAAAATTGGGTACAAGATGATACCTTCGTTCCACTTAAAACCGTTAAAAAAATGGATGAATATTTAAGTGATTTCGCAAAAAAATTTCATCTTACAACTAATGAAACAAAAAGTCGTAACTATCCTCTAGGAAAAGCGACTTCACATCTATTAGGTTATGTTGGTCCCATTAACTCTGAAGAATTAAAACAAAAAGAATATAAAGGCTATAAAGATGATGCAGTTATTGGTAAAAAGGGACTCGAAAAACTTTACGATAAAAAGCTCCAACATGAAGATGGCTATCGTGTCACAATCGTTGACGATAATAGCAATACAATCGCACATACATTAATAGAGAAAAAGAAAAAAGATGGCAAAGATATTCAACTAACTATTGATGCTAAAGTTCAAAAGAGTATTTATAACAACATGAAAAATGATTATGGCTCAGGTACTGCTATCCACCCTCAAACAGGTGAATTATTAGCACTTGTAAGCACACCTTCATATGACGTCTATCCATTTATGTATGGCATGAGTAACGAAGAATATAATAAATTAACCGAAGATAAAAAAGAACCTCTGCTCAACAAGTTCCAGATTACAACTTCACCAGGTTCAACTCAAAAAATATTAACAGCAATGATTGGGTTAAATAACAAAACATTAGACGATAAAACAAGTTATAAAATCGATGGTAAAGGTTGGCAAAAAGATAAATCTTGGGGTGGTTACAACGTTACAAGAAATAAAGTGGTAAATGGTAATATCGACTTAAAACAAGCAATAGAATCATCAGATAACATTTTCTTTGCTAGAGTAGCACTCGAATTAGGCAGTAAGAAATTTGAAAAAGGCATGAAAAAACTAGGTGTTGGTGAAGATATACCAAGTGATTATCCATTTTATAATGCTCAAATTTCAAACAAAAATTTAGATAATGAAATATTATTAGCTGATTCAGGTTACGGACAAGGTGAAATACTGATTAACCCAGTACAGATCCTTTCAATCTATAGCGCATTAGAAAATAATGGCAATATTAACGCACCTCACTTATTAAAAGACACGAAAAACAAAGTTTGGAAGAAAAATATTATTTCCAAAGAAAATATCAATCTATTAACTGATGGTATGCAACAAGTCGTAAATAAAACACATAAAGAAGATATTTATAGATCTTATGCAAACTTAATTGGCAAATCCGGTACTGCAGAACTCAAAATGAAACAAGGAGAAACTGGCAGACAAATTGGGTGGTTTATATCATATGATAAAGATAATCCAAACATGATGATGGCTATTAATGTTAAAGATGTACAAGATAAAGGAATGGCTAGCTACAATGCCAAAATCTCAGGTAAAGTGTATGATGAGCTATATGAGAACGGTAATAAAAAATACGATATAGATGAATAA

根据查询，错误第二行中的字节值会发生变化。数据库似乎确实存在问题，但我已经下载了两次，并且遇到了同样的错误。

【问题讨论】：

标签： bioinformatics blast ncbi

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题，你解决了吗？我检查了我的序列，没有发现任何问题。

但是当我用相同的参数和我的早期版本序列尝试这个程序时，错误消失了。

早期版本的序列是 fasta 格式。长序列被分成几行。（没有合并成一行）

我仍然不知道为什么，但这条消息可能会有所帮助。

【讨论】：

正如目前所写，您的答案尚不清楚。请edit 添加其他详细信息，以帮助其他人了解这如何解决所提出的问题。你可以找到更多关于如何写好答案的信息in the help center。
见我上面的回答。

【解决方案2】：

简单的解决方案，使用 sudo apt-get 的 BLAST 版本不是最新的。从 NCBI FTP 下载最新的 blast 可执行文件，如果相同，问题应该会消失

【讨论】：

您的答案可以通过额外的支持信息得到改进。请edit 添加更多详细信息，例如引用或文档，以便其他人可以确认您的答案是正确的。你可以找到更多关于如何写好答案的信息in the help center。
能否请您指定它适用于您的版本？（即“blastn -version”的输出）
我更新到2.12版