BLAST 数据库分配错误答案

【问题标题】：BLAST Database allocation errorBLAST 数据库分配错误
【发布时间】：2011-11-22 18:01:20
【问题描述】：

我在 stackexchange 的生物信息学版本上问过这个问题，但由于我认为这是一个计算机问题，我想我应该在这里碰碰运气。

在大型数据库（所有人类蛋白质）上运行本地 BLAST (v2.2.24+) 时出现以下错误：

proteinsApplicationError: Command 'blast-2.2.24+/bin/blastp.exe -query "query.fasta" -
db "human-proteins.fasta" -out blastOutput.xml -evalue 0.01 -outfmt 5'       
returned     non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: 
While mapping file [human-proteins.fasta.psq] with 5550749 bytes allocated, caught 
exception:'

谷歌搜索时，我只找到了 seqdbatlas 的源代码：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp，我在其中找到了：

1214         if (expt.length()) {
1215             // For now, if I can't memory map the file, I'll revert to
1216             // the old way: malloc a chunk of core and copy the data
1217             // into it.
1218             
1219             if (expt.find(": Cannot allocate memory") == expt.npos) {
1220                 expt = string("CSeqDBAtlas::MapMmap: While mapping file [") + 
                 (*m_Fname) + "] with " +
1221                     NStr::UInt8ToString(atlas->GetCurrentAllocationTotal()) +
1222                     " bytes allocated, caught exception:" + expt;
1223                 
1224                 SeqDB_ThrowException(CSeqDBException::eFileErr, expt);
1225             }
1226         }

我对 C++ 的了解是有限的，但我从中得到的是，PC 上没有足够的内存来在这么大的数据库上运行 BLAST。这是正确的，如果是这样，有没有办法在没有更大内存的计算机的情况下运行这个 BLAST？如果不正确，我得到的错误是什么？

提前致谢，尼克

【问题讨论】：

标签： python memory mapping allocation blast

【解决方案1】：

通过将查询文件一分为二并使用 blast 2.2.25 而不是 2.2.24 来修复它

【讨论】：