使用 igraph 读取具有孤立节点的邻接列表答案

【问题标题】：Reading adjacency lists with isolated nodes using igraph使用 igraph 读取具有孤立节点的邻接列表
【发布时间】：2014-07-21 08:58:33
【问题描述】：

我想使用 igraph 来探索一些网络数据。我的数据有这样的结构：

a <- c(13, 32, NA, NA)
b <- c(32, NA, NA, NA)
c <- c(34, 13, 32, NA)
d <- c(5, NA, NA, NA)

net <- rbind(a, b, c, d)

第一列：焦点主题 ID 从 2 到 4 列：来自焦点主题的接收者

在剧情中，主题 5 应该是孤立的。

library(reshape)
library(igraph)

net <- as.data.frame(net)
mdata <- melt(net, id=c("V1"))
g <- graph.data.frame(mdata[,c(1,3)])  

Warning message:
In graph.data.frame(mdata[, c(1, 3)]) :
In `d' `NA' elements were replaced with string "NA"  

plot(g)

正如预期的那样，NA 显示为一个节点。关于如何处理这个问题的任何想法？

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

我必须分别定义顶点和边：

v <- unique(net[, 1])
mdata <- melt(net, id=c("V1"))
e <- na.omit(mdata[,c(1,3)])

g <- graph.data.frame(e, vertices=v, directed=TRUE)
plot(g)

【讨论】：