如何列出R中的所有图形顶点属性？答案

【问题标题】：How to list all graph vertex attributes in R?如何列出R中的所有图形顶点属性？
【发布时间】：2013-11-28 09:33:01
【问题描述】：

我在 R 中使用 igraph 包。

我想将一些数据与每个顶点相关联，例如通过为每个添加 id 和 description 属性。属性是在运行时确定的。我有几个关于如何设置和获取这些数据的相关问题。

设置我使用的顶点 id（g 是一个图）：

> set.vertex.attribute(g,'id',1,'first_id') # etc

我希望能够通过以下方式读取属性：

> get.vertex.attribute(g,'id',1)

但这会返回 NULL。我做错了吗？

此外，调用get.vertex.attribute 的函数无权访问属性名称列表。如何从图形g 中提取属性名称？

最后，我想从/到命名列表中设置/获取属性的值。有没有一种简单的方法可以做到这一点，而无需遍历每个顶点和属性并应用 set.- 或 get.vertex.attribute？

谢谢！

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

看起来您必须将set.vertex.attribute 的结果分配回g，如下所示：

g <- graph.data.frame(data.frame(one=1:2,two=2:3))
g <- set.vertex.attribute(g,'id',1,'first_id')
get.vertex.attribute(g,'id',1)
#[1] "first_id"

正如?get.vertex.attribute 的帮助所说：

graph：要处理的图形对象。请注意，原始图是从未修改过，而是返回一个新的图形对象；如果您没有将其分配给您的修改将是的变量丢失！请参阅下面的示例。

此外，在同一个帮助文件中...

list.graph.attributes、list.vertex.attributes 和 list.edge.attributes 返回一个字符向量，即存在的属性名称。

list.vertex.attributes(g)
#[1] "name" "id"

快速查看似乎没有一个简单的函数来写入/输出顶点属性en masse。你可以编造这样的东西：

lapply(list.vertex.attributes(g),function(x) get.vertex.attribute(g,x))
#[[1]]
#[1] "1" "2" "3"
# 
#[[2]]
#[1] "first_id" NA         NA

【讨论】：

【解决方案2】：

使用以下语法就地分配顶点属性：

> V(g)[1]$id <- "first_id"
> V(g)[1]$id
[1] "aaa"

此语法还允许您检索或设置所有顶点的顶点属性；只需省略索引：

> V(g)$id <- c("aa", "bb", "cc")

【讨论】：

这很好用，但你能帮我解决这个问题吗？：我只有一个变量中的属性名称，例如idName = "id"。尽管V(g)$id 运行良好，但V(g)[[idName]] 给了我错误Error in V(g)[[idName]] : subscript out of bounds。我应该如何使用 idName 引用它？谢谢！
我不是 R 方面的专家，所以我不知道是否有更简单的方法，但经过一些实验后，我发现它可以工作：eval(parse(text=paste("V(g)$", varname, sep="")))。这基本上创建了一个包含要评估的表达式的字符串，对其进行解析，然后调用eval 来评估表达式。
不，您不能使用 V(g)$ 执行此操作。它实际上与普通列表相同，如果element 是变量名，您也不能使用list$element。在这种情况下，您需要使用get.vertex.attribute 和set.vertex.attribute。