R：顶点属性与弧图中的顶点名称不匹配

Question

我希望创建一个网络弧线图。我的问题是弧是正确的，节点的顺序也是正确的。但是，节点的大小（度）以及填充和边框颜色（vfill、vborder）与顶点的属性不匹配。

我的 .gml 文件可以在https://dl.dropboxusercontent.com/u/42761499/myarc.gml下载

代码：

library(igraph)
library(arcdiagram)
dat.g2 = read.graph("myarc.gml", format = "gml")
vlabels<-get.vertex.attribute(dat.g2, "name")
vfill<-get.vertex.attribute(dat.g2, "vfill")
vborder<-get.vertex.attribute(dat.g2, "vborder")
vgroups<-get.vertex.attribute(dat.g2, "group")
degrees<-get.vertex.attribute(dat.g2,"degree")
edgelist<-get.edgelist(dat.g2)
values<-as.numeric(get.edge.attribute(dat.g2, "value"))
par(mai=c(2.25,.25,.25,.25))
arc.p<-arcplot(edgelist, cex.labels = 0.8,
           ordering = vlabels,
           show.nodes = TRUE, 
           col.nodes = vborder, 
           bg.nodes = vfill, 
           cex.nodes = sqrt(degrees)/20,
           pch.nodes = 21, 
           lwd.nodes = 2, 
           line = 0.3,
           col.arcs = hsv(0, 0, 0.1, 0.4), 
           lwd.arcs = sqrt(values)/2,
           horizontal=TRUE,
           axes=FALSE)

在图中，颜色和节点大小有时是错误的。 “其他投诉”应为紫色和 CHPAIN 黄色。至少 CHPAIN 和 CARDOTH 的大小是错误的（CHPAIN 大于 CARDOTH，参见 myarc.gml）。我认为问题是因为在边缘列表中，每个节点的名称首先出现的顺序与顶点顺序略有不同。 通过边缘列表顺序，我的意思是节点名称的第一个独特外观，当一个人查看行然后向下查看列时。即边缘列表的前 5 行内容为：

• 从到
• 1 胸痛，MI，CA，VF AF
• 2 胸痛，MI，CA，VF 晕厥
• 3 胸痛，MI，CA，VF SOB
• 4 胸痛，MI，CA，VF CHPAIN
• 5 胸痛，MI，CA，VF CARDOTH

所以边缘列表顺序是“胸痛，MI，CA，VF”，“AF”，“晕厥”，“SOB”，“CHPAIN”，“CARDOTH”...... 顶点顺序是“胸痛，MI，CA，VF”，“AF”，“晕厥”，“SOB”，“其他主诉”，“CHPAIN”...

如何让顶点属性（vfill、vborder、degrees）与图上的顶点名称相匹配？

Answer 1

您只需要显式设置vertices= 参数。这就是函数如何知道将每个 *.nodes 属性分配给什么值的方式。您可以使用它来代替您现在设置的 ordering= 参数，因为您根本没有重新排序节点。

arc.p<-arcplot(edgelist, vlabels, cex.labels = 0.8,
    show.nodes = TRUE, 
    col.nodes = vborder, 
    bg.nodes = vfill, 
    cex.nodes = sqrt(degrees)/20,
    pch.nodes = 21, 
    lwd.nodes = 2, 
    line = 0.3,
    col.arcs = hsv(0, 0, 0.1, 0.4), 
    lwd.arcs = sqrt(values)/2,
    horizontal=TRUE,
    axes=FALSE)