在R中制作邻接矩阵

Question

我想从包含几行的数据框 (mydata) 中创建一个邻接矩阵，并遵循以下规则：

1. 以方阵形式列出所有字母
2. 从对应行的其余列 (p1 p2 p3 p4 p5) 计算和求和来自 source 的连接数。例如，b 与a（2 行和 8 行）连接了 5 次。
3. 如果source 中不包含字母，则连接值应为零。

数据框是：

mydf <- data.frame(p1=c('a','a','a','b','g','b','c','c','d'),
                               p2=c('b','c','d','c','d','e','d','e','e'),
                               p3=c('a','a','c','c','d','d','d','a','a'),
                               p4=c('a','a','b','c','c','e','d','a','b'),
                               p5=c('a','b','c','d','I','b','b','c','z'),
                               source=c('a','b','c','d','e','e','a','b','d'))

邻接矩阵应该如下

        a b c d e g I z
      a 4 2 1 3 0 0 0 0
      b 5 1 3 0 1 0 0 0
      c 1 1 2 1 0 0 0 0
      d 1 2 3 2 1 0 0 1
      e 0 2 1 3 2 1 1 0
      g 0 0 0 0 0 0 0 0
      I 0 0 0 0 0 0 0 0
      z 0 0 0 0 0 0 0 0

我有数百列和数千行。我希望有任何最快的方法在 R 中做到这一点

Answer 1

在base R中，我们可以使用table：

vals <- unlist(mydf[-ncol(mydf)])
table(factor(rep(mydf$source, ncol(mydf) - 1), levels = unique(vals)), vals)

#  vals
#    a b c d e g I z
#  a 4 2 1 3 0 0 0 0
#  b 5 1 3 0 1 0 0 0
#  g 0 0 0 0 0 0 0 0
#  c 1 1 2 1 0 0 0 0
#  d 1 2 3 2 1 0 0 1
#  e 0 2 1 3 2 1 1 0
#  I 0 0 0 0 0 0 0 0
#  z 0 0 0 0 0 0 0 0

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在tidyverse 我们可以这样做：

library(dplyr)
library(tidyr)

mydf %>%
  pivot_longer(cols = -source) %>%
  count(source, value) %>%
  pivot_wider(names_from = value, values_from = n) %>%
  complete(source = names(.)[-1]) %>%
  mutate_all(~replace_na(., 0))